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筆尖上的躁動(dòng)新蟲 (小有名氣)
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[求助]
pcr，分子標(biāo)記，paup軟件應(yīng)用，單倍型分析！ 已有1人參與
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萬能的蟲友們好， 我的實(shí)驗(yàn)是，基于ssr技術(shù)對(duì)葉綠體dna遺傳多樣性進(jìn)行研究，最近剛做完分子標(biāo)記的正向測序工作，但是處理數(shù)據(jù)時(shí)，遇到了問題。求助！ 1.不同的樣品測序結(jié)果，怎么進(jìn)行合并？有的文獻(xiàn)上面寫的用paup軟件將葉綠體片段1.2.3.4進(jìn)行合并，吧啦吧啦……但是，這并不是正反向，怎么合并？而且我用這個(gè)軟件試了，并沒有合并的功能～ 2.在用dnasp軟件進(jìn)行單倍型分析時(shí)，為什么我的單倍型數(shù)目幾乎等于序列數(shù)了？感覺怪怪的？ 3.不明白，有的文獻(xiàn)中，怎么得出來的，單倍型分布，求解。 不能更感激！ @biostar2009 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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朋友你好，我現(xiàn)在很少上小木蟲了。今天才看到你給我發(fā)的私信，針對(duì)你私信中的問題，我比較有把握的就是：單倍型數(shù)量和樣品或者群體應(yīng)該是沒有關(guān)系的。 針對(duì)你這篇帖子的問題，我從我的理解角度，回答一下，不知道是否正確 1、測序結(jié)果的合并，我想你是想要合并成重疊群吧，也是就contig，我之前用的合并軟件是CAP3，但至于正反向測序，這個(gè)我并沒有注意過 2、單倍型分析，應(yīng)該是基于SNP分析的基礎(chǔ)上，也就是你要先分析清楚SNP位點(diǎn)，然后才能得出單倍型的結(jié)論 |
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筆尖上的躁動(dòng)
3樓2016-04-26 21:05:03
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首先，看到您的回復(fù)，非常感動(dòng)，萬分感謝。 其次，對(duì)于單倍型個(gè)數(shù)和序列數(shù)之間的關(guān)系這個(gè)問題，是這樣的，我用3對(duì)引物分別擴(kuò)增幾個(gè)群體的20個(gè)樣品，然后用dnasp做的單倍型分析，但是，引物1，擴(kuò)增的幾乎沒有變異位點(diǎn)，除了序列首末亂封的位置堿基位置顯示紅色(我沒有刪掉，不知道是不是這里出了問題)，然后做出來結(jié)果是20大概和序列數(shù)相等，我覺得有問題，但是找不出來，其他引物擴(kuò)增的存在差異位點(diǎn)，同樣操作，結(jié)果對(duì)不對(duì)，我也不確定 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
4樓2016-04-26 23:21:20
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然后，對(duì)于您說的重疊群，我沒有很明白，這里您是怎么分析的，我看文獻(xiàn)上面說，將4對(duì)，引物擴(kuò)增片段，合并，但是后面又寫將51個(gè)序列合并(總共就51個(gè)樣品)，這樣的話沒有考慮引物的問題呀，我覺得應(yīng)該是4*51=204個(gè)呀…… 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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5樓2016-04-26 23:25:19
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2樓2016-04-26 17:44:58
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6樓2016-04-26 23:27:04
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7樓2016-04-27 18:32:58
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8樓2016-04-27 18:33:33
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9樓2016-04-27 18:33:53
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10樓2016-04-27 18:34:06
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