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vip璋冩?銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于lammps中special_bonds命令有點(diǎn)問題，請(qǐng)大神解答 已有2人參與
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假如我把special_bonds中得系數(shù)設(shè)為0.0，意思是不是成鍵的原子之間的pair勢(shì)就關(guān)閉了，而不成鍵的原子之間的pair勢(shì)還存在，這樣理解對(duì)嗎？ 還有庫侖力是不是也是這樣的？（比如水分子，一個(gè)水分子中的O和H之間的pair或庫倫力關(guān)閉了，而兩個(gè)水分子之間O和O的pair或庫侖力不變，是這樣嗎？） |
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alundilong
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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的確是這樣的！ The rationale for using these weighting factors is that the interaction between a pair of bonded atoms is all (or mostly) specified by the bond, angle, dihedral potentials, and thus the non-bonded Lennard-Jones or Coulombic interaction between the pair of atoms should be excluded (or reduced by a weighting factor). “成鍵”的兩個(gè)原子之間的作用是有“鍵”來確定，所以這兩個(gè)原子之間的對(duì)勢(shì)就得去除或者做相應(yīng)的縮放。 成角，成二面角。。都是一個(gè)道理。 |
2樓2016-05-10 00:13:55
jiezhou5322
銀蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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首先 special——bonds 應(yīng)該是用計(jì)算分子內(nèi)非鍵結(jié)相互作用的，special_bonds 是一個(gè)分子上對(duì)于3個(gè)鍵或以上，才可以用，如 special——bonds lj 0.0 0.0 1.0 分別表示的 是 1-2 ，1-3 ，1-4原子 的lj 相互作用系數(shù) ，分子內(nèi)lj相互作用 ，如上例，1-2 1-3 是沒有分子內(nèi)lj 相互作用，但是 1-4 有l(wèi)j 相互作用，有的設(shè)置為0.5 就是把1-4 原子間的lj相互作用乘以0.5 |
3樓2016-05-10 15:57:57
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