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[求助]
計算石墨烯熱導(dǎo)率平衡態(tài)，求助！ 已有2人參與
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如題，我想用lammps計算石墨烯的平衡態(tài)熱導(dǎo)率，我用ms建立16*16*1的石墨烯模型，邊界條件如果是ppp，則運(yùn)行沒有問題，如果改為pps，則總是出現(xiàn)如下錯誤： cannot use neighbor bins -box size << cutoff (../neighbor.cpp:1737) 按照lammps error中的提示，顯示 Cannot use neighbor bins - box size << cutoffToo many neighbor bins will be created. This typically happens when the simulation box is very small in some dimension, compared to the neighbor cutoff. Use the “nsq” style instead of “bin” style. 我嘗試著將我的box設(shè)置大一點(diǎn)，從16*16*1改為50*50*1，可是錯誤依然存在。勢函數(shù)采用的是tersoff勢函數(shù)。 部分in文件如下： units metal variable T equal 300 # in K variable V equal vol # in A^3 variable dt equal 0.0005 # in ps variable p equal 100000 # correlation length variable s equal 1 # sample interval variable d equal $p*$s # dump interval # convert from LAMMPS real units to SI # donot change this part variable kB equal 1.3806504e-23 # [J/K] Boltzmann variable eV2J equal 1.60217646e-19 variable A2m equal 1.0e-10 variable ps2s equal 1.0e-12 variable convert equal ${eV2J}*${eV2J}/${ps2s}/${A2m} # setup problem #dimension 3 #boundary p p p #lattice fcc 5.376 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 #region box block 0 4 0 4 0 4 #create_box 1 box #create_atoms 1 box #mass 1 39.948 #pair_style lj/cut 13.0 #pair_coeff * * 0.010325 3.405 #timestep ${dt} #thermo $d # for reading data file # read structure from data file dimension 3 boundary p p s read_data data.graphite #potential function pair_style tersoff pair_coeff * * SiC.tersoff Si timestep ${dt} thermo $d |
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【答案】應(yīng)助回帖
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Hello, I think you are using the Green-Kubo method. The problem of lammps is that the heat current (also called heat flux) formula implemented in lammps is only correct of two-body potentials and is wrong for many-body potentials such as the Tersoff potential. Using the Tersoff parameters by Lindsay and Broido, the converged thermal conductivity of pristine grpahene at 300 K is computed to be about 900 W/mK, but using the correct formula I derived, I got 2700 W/mK. See my recent paper published in Phys. Rev. B: arXiv:1503.06565 [cond-mat.mes-hall] "Force and heat current formulas for many-body potentials in molecular dynamics simulation with applications to thermal conductivity calculations", by Zheyong Fan, Luiz Felipe C. Pereira, Hui-Qiong Wang, Jin-Cheng Zheng, Davide Donadio, Ari Harju The value of 2700 W/mK reported in my paper is also a little underestimated. My current improved value is about 2900 W/mK. The difference is related to the time-convergence, but this difference is marginal. I will talk out this in my future publication. |
7樓2016-05-13 19:51:50
2樓2016-05-13 12:46:34
brucefan
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