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sssweetday木蟲 (初入文壇)
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[求助]
用NAMD模擬蛋白構(gòu)象變化，已得單體monomer的pdb，怎樣構(gòu)建二聚體dimer 已有1人參與
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各位蟲友好！因?yàn)榘l(fā)表論文需要分子動力學(xué)模擬，所以最近在自學(xué)用namd軟件模擬蛋白構(gòu)象變化。 請問：“在已有蛋白單體pdb的情況下，怎樣畫出一個蛋白二聚體的初始構(gòu)象？”并且要求“二聚體中兩單體各非氫原子之間最短距離不小于10�！�。 嘗試用過sybyl、vmd、chem3D等軟件，摸索了許久，都沒能畫出。 如果有會的蟲友，請幫忙解答一下用什么軟件和什么方法能實(shí)現(xiàn)，非常感謝啦�。�！ |
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sssweetday
木蟲 (初入文壇)
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3樓2016-05-24 08:16:22
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【答案】應(yīng)助回帖
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具體方法可以參照NAMD的舉例 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/index-all.html#namd 其中的Membrane Proteins Tutorial就是你需要的。 |
4樓2016-07-16 21:13:06
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