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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » md分子模擬 簡化單位問題
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Masterarbeit新蟲 (初入文壇)
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[求助]
md分子模擬 簡化單位問題 已有2人參與
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碩士畢業(yè)論文用mathematica自己編程進行md對金剛石分子模擬。使用了tersoff勢函數(shù)。程序?qū)懥舜蟛糠至�，現(xiàn)在需要化簡單位。查了很多資料基本上都是講了lj勢能的單位化簡。請問tersoff怎么簡化單位以便計算。 還有tersoff對金剛石的勢能參數(shù)在哪里能查到呢？我找了幾篇論文看到了一個簡單的參數(shù)表但是教授說不對。有沒有具體的書籍能夠查閱？ 本人機械專業(yè)卻選到了這么一個題目。希望研究分子模擬的大師們能多多指導。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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2樓2016-05-27 08:38:48
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abinition 你好。很感謝你每次有問題都你都熱心的回復。 這個文檔我之前找到過。我在編程過程中也使用的這個數(shù)據(jù)，但是教授說這個c在tersoff中的勢能參數(shù)只適用于石墨結(jié)構(gòu)，而金剛石的勢能參數(shù)并不是這個。但是我查到的統(tǒng)統(tǒng)都是這個數(shù)據(jù)。 然后這篇論文中并沒有講到計算過程中單位的處理。因為原子物理量的數(shù)量級小，計算誤差大，需要簡化單位便于計算。然而長度 時間 力 溫度 能量的單位應(yīng)該如何統(tǒng)一。 在lj中有一個表格來計算。請問在tersoff中有沒有類似的單位化簡方法。 期待你的回復。謝謝。 捕獲.PNG 捕獲1.PNG |
3樓2016-05-27 14:18:20
abinitio
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我覺得這個勢函數(shù)不應(yīng)該僅針對于石墨結(jié)構(gòu)，金剛石結(jié)構(gòu)也同樣適用。如果有異議，可以用金剛石結(jié)構(gòu)跑下看看是否穩(wěn)定，或看看晶格參數(shù)。我感覺應(yīng)該沒問題。至于單位簡化，我沒用過，不了解。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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4樓2016-05-27 15:35:44
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ab initio 你好。我碰到一個問題想問問你的想法。 又找過一次教授。對于單位簡化的問題估計他也沒什么頭緒。然后他讓我用如你名字一樣的ab initio計算。我之前三個月都在軟件和精典力學的方法中尋求思路并且程序完成了大部分�，F(xiàn)在基本上是要從頭開始。我下個月合同到期，可以續(xù)簽五個月。六個月的時間里你認為對于一個零基礎(chǔ)的人來說是否有一定的困難。這兩天大概翻了一下量子力學的書感覺要花長時間才能吸收。我的研究生專業(yè)是系統(tǒng)工程我在考慮要不要重新選擇一個方向一致的題目。因為我感覺我就算是潛心研究第一性原理從頭計算的方法，花大量的時間看了量子力學書對于以后的工作并沒有什么幫助。 站在你的角度有什么看法呢。我是繼續(xù)堅持下去，還是中止合同另尋出路呢。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
5樓2016-05-28 14:20:50
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【答案】應(yīng)助回帖
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abinitio: 金幣+5, 感謝應(yīng)助 2016-05-30 10:21:38
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這是我自己寫分子動力學模擬程序時用的單位制，供參考： /*----------------------------------------------------------------------------80 The units used in this program are as follows: (1) The basic units are chosen to be (A) Mechanics -- energy: eV (electron volt) -- length: A (Angstrom) -- mass: amu (atomic mass unit) (B) Thermodynamics -- temperature: K (Kelvin) (C) Electricity -- charge: e (elementary charge) (2) Some derived units are (A) Mechanics -- time: A amu^(1/2) eV^(-1/2) ~ 10 fs -- velocity: eV^(1/2) amu^(-1/2) ~ 0.1 A fs^(-1) -- acceleration: eV A^(-1) amu^(-1) ~ 0.01 A fs^(-2) -- force: eV A^(-1) (B) Thermodynamics Boltzmann constant: K_B ~ 0.8625 * 10^(-4) eV K^(-1) (C) Electricity --electrostatic constant: K_C = 1 / (4 * PI * epsilon_0) ~ 14.4 eV A e^(-2) ------------------------------------------------------------------------------*/ 另外， (1) 關(guān)于tersoff勢的參數(shù)，在Tersoff的1989年的文章中就有。 不知你是否覺得Tersoff原來的參數(shù)不好？ (2)半年時間顯然不能掌握第一性原理計算，入門都難。 |
6樓2016-05-28 15:14:20
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