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旭日and東升

新蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 生物信息學(xué)

[求助] 單細胞轉(zhuǎn)錄組測序已有1人參與

一組單細胞轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果，數(shù)據(jù)量沒有問題，比對率在80%以上，但有reads覆蓋的轉(zhuǎn)錄本只有3000多個，有的轉(zhuǎn)錄本覆蓋reads幾十萬，這是什么原因啊
為什么覆蓋的轉(zhuǎn)錄本這么少，是測序的原因還是樣本污染了呢？

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1樓 2016-05-27 10:05:14

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wxf8470

木蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 神經(jīng)生物學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

如果測序時放在同一lane上，這種情況主要是樣品本身的質(zhì)量造成的。那個樣品的RNA可能降解的比較厲害。

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回復(fù)此樓

2樓2016-05-28 03:10:00

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