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zdx0506新蟲 (初入文壇)
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[求助]
新屬鑒定，建完系統(tǒng)發(fā)育樹之后出現(xiàn)問題了，求助求助 已有2人參與
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得到了一株細(xì)菌，黃桿菌科的，在Ezbiocloud比對(duì)后，相似度最高的為92%，然后我就把黃桿菌科內(nèi)與我這個(gè)菌相似度較高的每個(gè)屬都找了幾個(gè)細(xì)菌，用mega5.1構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹。但是我的菌HQA918自己在一個(gè)分支，并且自展值很低，這個(gè)樹隱去小于50%的，請(qǐng)問應(yīng)該怎么辦？？是我選擇的標(biāo)準(zhǔn)菌株不對(duì)么？因?yàn)樾枰獜慕浣Y(jié)果 選取模式菌株進(jìn)行新屬的鑒定，小白一個(gè)，求各位 大神指教。跪求 圖片1.png |
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2樓2016-06-14 11:41:01
liuhaolin3
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3樓2016-06-14 13:10:11
chinayanfei
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我們一般是把eztaxon里比對(duì)的結(jié)果全部下載下來（fasta格式）～然后在總得建樹～之后總體看看～以后再此基礎(chǔ)上刪除不必要的序列！ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2016-06-14 20:11:19
【答案】應(yīng)助回帖
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我是來解決問題的。  由于傳統(tǒng)菌種鑒定“金標(biāo)準(zhǔn)”，DNA-DNA雜交實(shí)驗(yàn)，操作復(fù)雜，成本高，對(duì)操作要求很嚴(yán)格，所以不利于菌種分類鑒定的發(fā)展。 基因組時(shí)代，菌種鑒定新“金標(biāo)準(zhǔn)”，文獻(xiàn)如下： Michael R, Ramon R M. Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition.[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2009, 106(45):19126-31. |
5樓2016-06-17 16:39:01
liuhaolin3
至尊木蟲 (著名寫手)
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6樓2016-06-17 23:56:29
7樓2016-11-30 10:46:52
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