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syzhudi新蟲 (初入文壇)
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[交流]
請教：如何從系統(tǒng)發(fā)育樹中分析基因分化的時間先后
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生物信息專業(yè)小白，只會用mega來做系統(tǒng)發(fā)育樹�，F(xiàn)在想分析一下一個物種內(nèi)一個家族的基因的分化時間的先后，想看看哪個是較早分化出來的，哪個是較晚分化出來的。各基因相似度大于90%�，F(xiàn)在比較煩的是在同一個分支上的基因到底應(yīng)該如何判斷分化時間的先后呢？附件中圖一是方法，圖二是顯示各分歧點的展開值，圖三上面應(yīng)該顯示的是替換率吧。用的氨基酸序列進(jìn)行分析的。比如圖二中的1和4；7和8以及9,20,24三者呢，誰先出現(xiàn)，誰后分化？是否跟上下排列順序有關(guān)？哪種模式下計算出來的進(jìn)化樹可以直接用枝長來判斷？另外不知道參數(shù)設(shè)置的是否合理。請老師們指教 圖片1.JPG 圖片2.jpg 圖片3.jpg |
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