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達(dá)碩_在鑫

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[交流] 基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）已有3人參與

代謝組學(xué)(Metabolomics)
Ø研究生命體對(duì)于內(nèi)在基因突變、病理生理變化及外在環(huán)境等因素刺激作用下的體內(nèi)的動(dòng)態(tài)多元的代謝物響應(yīng)
Ø定性定量描述生物體內(nèi)所有內(nèi)源性代謝物
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）\"$
代謝組學(xué)研究方法
應(yīng)用研究——>解決實(shí)際生物醫(yī)學(xué)問(wèn)題和需求
高通量信息獲取——>生物信息學(xué)研究
小分子代謝物表征——>針對(duì)復(fù)雜體系生物樣本樣品的高分辨分離分析
代謝組學(xué)研究流程
1.樣本采集—>2.樣本預(yù)處理—>3.代謝組數(shù)據(jù)采集—>4.數(shù)據(jù)分析—>5.生物解釋
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-1\"$
代謝物的定性仍然是發(fā)展的瓶頸！
普遍認(rèn)為，常規(guī)方法(主要指LC-MSn、GC-MS和NMR)能檢測(cè)和鑒別的代謝物應(yīng)不到樣品中代謝物總量的10-15%。
生物體內(nèi)代謝物的數(shù)量尚無(wú)定論，有說(shuō)1,000-200,000，亦有說(shuō)4,000-20,000不等。
如何提高代謝物鑒定分析的成功率：是一個(gè)非常重要的問(wèn)題~
代謝物的鑒定：為什么有難度！
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-2\"$
代謝物的鑒定：分析流程
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-3\"$
問(wèn)題一：如何提高定性分析的準(zhǔn)確性？

問(wèn)題二：如何更快速、更多地定性出代謝物？

問(wèn)題三：如何在定性分析確認(rèn)的過(guò)程中節(jié)約時(shí)間、降低成本？

===解決方案===
國(guó)內(nèi)重點(diǎn)的代謝組學(xué)研究組開(kāi)發(fā)《代謝組學(xué)小分子化合物快速鑒定分析軟件系統(tǒng)（OSI/SMMS）》
OSI/SMMS系統(tǒng)介紹：
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-7\"$
—>自建標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(kù)：基于高分辨質(zhì)譜分析的實(shí)際數(shù)據(jù)采集利用。

—>標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建

—>如何將有效信息綜合利用：保留時(shí)間、一級(jí)質(zhì)譜與二級(jí)質(zhì)譜
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-10\"$
—>更高效的鑒定：主要網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)的整合利用
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-11\"$
—>組內(nèi)共享自建庫(kù)與擴(kuò)展庫(kù)：讓定性經(jīng)驗(yàn)得以傳遞
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-12\"$
—>快速、準(zhǔn)確的一站式定性分析
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-13\"$
—>多級(jí)用戶管理

關(guān)鍵技術(shù)
—>如何利用保留時(shí)間信息：SOP方法
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-15\"$
—>數(shù)據(jù)校正：內(nèi)標(biāo)的使用
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-16\"$
—>從MS1到MS2：MS2質(zhì)譜列表的預(yù)處理
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-17\"$
—>發(fā)表的文章：Anal. Chem. 2015, 87, 5050−5055, DOI: 10.1021/acs.analchem.5b00615
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-18\"$
—>確定噪聲水平
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-19\"$
—>確定峰純度
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-20\"$
—>如何處理多個(gè)二級(jí)質(zhì)譜特征
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-21\"$
—>定性匹配算法：正向搜索、反向搜索與加權(quán)打分
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-22\"$
—>如何利用峰強(qiáng)度信息
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-23\"$
===實(shí)際案例===
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-24\"$
—>鑒定分析流程
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-25\"$
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-26\"$
—>分析結(jié)果
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-27\"$
—>典型定性結(jié)果
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-28\"$
===代謝小分子鑒定分析的最佳解決方案===
$\"基于LC-MSn的代謝小分子化合物快速鑒定分析軟件（OSI/SMMS）-29\"$
此系統(tǒng)由大連達(dá)碩信息技術(shù)有限公司與中科院大連化物所代謝組學(xué)研究中心共同開(kāi)發(fā)
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1樓 2016-06-06 16:20:21

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附件 1 : 如何更快速、更準(zhǔn)確地獲得結(jié)果_.pdf

2016-06-06 16:27:30, 3.77 M

2樓2016-06-06 16:27:40

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與waters的QA比較有何優(yōu)缺點(diǎn)？

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3樓2016-06-06 21:47:15

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引用回帖:

3樓: Originally posted by gaofeng524 at 2016-06-06 21:47:15
與waters的QA比較有何優(yōu)缺點(diǎn)？

您指的是waters的QI？我對(duì)QI不熟悉，而且并沒(méi)有可比性，他們的系統(tǒng)更多的在于數(shù)據(jù)解析的能力，我們的系統(tǒng)主要解決定性的問(wèn)題。waters、賽默飛我們都與工程師正面溝通過(guò)，有深入交流！

OSI/SMMS系統(tǒng)缺點(diǎn)：我們目前版本沒(méi)有加入峰的處理方法，我們目前只關(guān)注定性，定性的匹配算法，如何讓定性更方便，更準(zhǔn)確！
OSI/SMMS系統(tǒng)介紹
該系統(tǒng)主要是解決代謝小分子鑒定分析和快速、批量分析的問(wèn)題，也是代謝小分子驗(yàn)證分析的有效工具。無(wú)需費(fèi)時(shí)、費(fèi)力、費(fèi)錢(qián)地購(gòu)買(mǎi)標(biāo)準(zhǔn)化合物，進(jìn)行一系列的實(shí)驗(yàn)分析與數(shù)據(jù)分析，最終確定鑒定結(jié)果是否準(zhǔn)確可靠，而是基于系統(tǒng)自帶的標(biāo)準(zhǔn)化合物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)庫(kù)、網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)，以及定性共享數(shù)據(jù)庫(kù)等完成鑒定確認(rèn)(詳情請(qǐng)參見(jiàn)系統(tǒng)的特色與優(yōu)勢(shì))

OSI/SMMS優(yōu)勢(shì)
1.發(fā)展基于多層次定性體系的代謝物鑒定新策略，即購(gòu)買(mǎi)標(biāo)準(zhǔn)化合物并自建具有完整信息的數(shù)據(jù)庫(kù)、整合主流網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)、積累并整合研究組內(nèi)成員的定性研究成果與經(jīng)驗(yàn)，實(shí)現(xiàn)大規(guī)模代謝特征的定性鑒定與驗(yàn)證。
2.自建數(shù)據(jù)庫(kù)：以SOP的方法，購(gòu)買(mǎi)近1500多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)化合物，在正、負(fù)離子模式，以及高、中、低三個(gè)能量下，采集每個(gè)化合物的保留時(shí)間、一級(jí)質(zhì)譜、二級(jí)質(zhì)譜信息，構(gòu)建信息完整的標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(kù)[數(shù)據(jù)由中國(guó)科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所，代謝組學(xué)研究中心采集]。
3.整合網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)：軟件系統(tǒng)同時(shí)實(shí)現(xiàn)HMDB、Metlin、Lipid maps和MMCD4個(gè)主要網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)的實(shí)時(shí)、在線搜索，并整合搜索結(jié)果，用戶無(wú)需再登錄網(wǎng)站便可快速便捷地得到批量結(jié)果。而不是像過(guò)去那樣，需要在不同網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)間不斷輸入、人工比較或整合結(jié)果。
4.整合擴(kuò)展數(shù)據(jù)庫(kù)：系統(tǒng)通過(guò)構(gòu)建擴(kuò)展數(shù)據(jù)庫(kù)，以及本地電腦與局域網(wǎng)數(shù)據(jù)聯(lián)機(jī)的方式，實(shí)現(xiàn)研究組內(nèi)成員間定性研究成果的建庫(kù)、積累與共享。我們的代謝組學(xué)研究不再孤立無(wú)援，而是在研究組內(nèi)既分享別人的定性經(jīng)驗(yàn)或成果、同時(shí)也為研究組做出自己的貢獻(xiàn)。
5.定性算法與用戶體驗(yàn)：系統(tǒng)通過(guò)發(fā)展先進(jìn)的數(shù)據(jù)校正算法，以及先進(jìn)的定性分析方法，實(shí)現(xiàn)未知代謝特征與數(shù)據(jù)庫(kù)的準(zhǔn)確匹配，完成代謝物的快速、批量定性分析。
與此同時(shí)，系統(tǒng)體驗(yàn)優(yōu)異，包括數(shù)據(jù)的批量導(dǎo)入、查詢、可視化，以及結(jié)果輸出等諸多對(duì)代謝組學(xué)研究很有幫助的功能。

謝謝您的提問(wèn)！

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4樓2016-06-07 15:12:03

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這套軟件費(fèi)用大概多少？試用哪種數(shù)據(jù)格式？

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5樓2016-06-10 11:53:13

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6樓2016-06-12 08:41:48

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samule1978

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質(zhì)譜是圖譜還是包括了可能的裂解途徑和碎片離子結(jié)構(gòu)？

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7樓2016-06-12 09:08:27

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科研小蟲(chóng)一枚

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8樓2016-06-15 09:53:25

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