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[交流]
用python來玩lammps【環(huán)境設置篇】【其實是小白求交流】
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 在小小地糾結了兩個晚上（其實完全不需要糾結），我成功設置了lammps動態(tài)庫，可以從Python里面調用lammps寫code了！python因為代碼簡單，是一個很活躍的語言，于是在phd第一年，修了一門計算物理，就是用Python教的。上完課之后，就一直很想學以致用啦。 其實也因為Python很火，lammps的doc里面已經(jīng)寫好了怎么交互使用。 但是介于我是linux小白，也還是糾結了很久。使用的是ubuntu14.04，bash shell 按照doc里面11.3 建一個共享的lammps的庫 1.先去lammps里面的src文件夾 我的話是： cd Desktop cd lammps-14May16 cd src 當你在src文件夾里，你就可以使用make command了。 make foo mode=shlib 這里的foo就是你的機器類型了，我這里就是ubuntu 所以我輸入的是： make ubuntu mode=shlib 上面的指令，會在你的文件夾里面，建一個liblammps_ubuntu.so file，和一個軟連接 liblammps.so 2.設置環(huán)境變量 其實我現(xiàn)在還不是很清楚，環(huán)境變量是不是必須得設置。因為我第一天晚上設置好了，但是結果沒有運行成功 第二天才做了步驟3，之后才成功了。 但是無論如何，環(huán)境變量的設置也是一個很常見的問題。 上面1里面提到了的liblammps_ubuntu.so 和在lammps／python下面找到的 lammp.py 文件都很關鍵。 我們希望python知道在哪里找到lammps的庫（liblammps_ubuntu.so），所以要告訴他們一個尋找的位置 官方里面給的例子是這樣的： 如果是用csh or tcsh shells,在 ~/.cshrc file里面加上下面兩句話就好了。 setenv PYTHONPATH ${PYTHONPATH}:/home/sjplimp/lammps/python setenv LD_LIBRARY_PATH ${LD_LIBRARY_PATH}:/home/sjplimp/lammps/src 然后我的是bash shell，不知道是不是ubuntu就是這樣子的 所以，實際上對應的是 .bashrc file 這個文件 你在命令行里面輸入 ls -al 就能在里面找到這個文件的蹤跡 vi .bashrc 是我知道唯一能進入這個文件的辦法… 因為貌似特殊文件，一般時候沒有顯示 但是結果進去了之后，看不懂。。。所以就沒敢在里面亂改。 后來找到添加環(huán)境變量的方法是 輸入env 就能看到你所有的環(huán)境變量 然后輸入 export PYTHONPATH=$PYTHONPATH :/home/Desktop/lammps-14May16/python export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH :/home/Desktop/lammps-14May16/src 這個時候你再輸入env 就能發(fā)現(xiàn)添加了這幾個環(huán)境變量 然后別忘了輸入 source ～/. bashrc 讓你的環(huán)境變量生效。 （寫到這里的我，已經(jīng)無法堅持寫下去了…） 突然發(fā)現(xiàn)設置的環(huán)境變量現(xiàn)在又不見了！ 看來上面的方法不是永久有效的 還是得改文本么！！！ 3.但是介于上面的發(fā)現(xiàn)， 說明其實不設置環(huán)境變量也沒關系 有另外一個方法！ 直接去跑install.py 就好了！ 跑到lammps下面的python文件夾 python install.py 跑完沒報錯的話 直接測試 from lammps import lammps lmp=lammps() 就輸出了你的lammps版本 LAMMPS（14 May 2016） If you use the python/install.py script, you need to invoke it every time you rebuild LAMMPS (as a shared library) or make changes to the python/lammps.py file. 注意的是，這樣的話，每次重新建lammps？（什么叫rebuild lammps啊）， 你就要重新運行一遍。 這樣也沒關系啊，只要能跑就好了！ 我只有這么個最低要求。 寫完才發(fā)現(xiàn)，我真的是小白求交流。理解了環(huán)境變量是干嘛用的，覺得還蠻神奇的～ 繼續(xù)奮斗，希望能之后繼續(xù)寫，怎樣在python里面玩lammps～ 共勉＠求討論求指教 |
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13樓2016-06-19 00:57:59
14樓2018-06-27 11:32:10
15樓2019-07-06 11:38:56
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16樓2019-07-18 20:56:06
簡單回復
2016-06-10 19:59
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旎筱(金幣+1): 謝謝參與
2016-06-10 20:04
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2016-06-10 20:16
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ZloveA7樓
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博雅未名81289樓
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Anita_123410樓
2016-06-10 21:49
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yangdw12345711樓
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psylhh12樓
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