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gromacs+GMXPBSAtool 計(jì)算結(jié)合自由能結(jié)果很奇怪啊。。。
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各位老師好！ 樓主是做蛋白納米粒子的小白半路出家接觸了分子模擬，最近在做到結(jié)合自由能計(jì)算的時(shí)候遇到了問(wèn)題，向大家請(qǐng)教。 我用的是gromacs和GMXPBSAtool，根據(jù)mmpbsa方法計(jì)算了蛋白蛋白之間的binding free energy（溶劑為水），結(jié)果如下 ΔGvwd -168.6(7) ΔGSA 0.1(0.8) ΔGelec 2698.9(53) ΔGPB -2571.0(35) ΔGnonpolar -168.5(3) ΔGpolar 127.9(5) ΔGbind -40.6(5) 對(duì)Gelec和Gpb兩項(xiàng)，以上的結(jié)果似乎說(shuō)明，我計(jì)算的這個(gè)蛋白系統(tǒng)中靜電相互作用會(huì)非常嚴(yán)重地影響其穩(wěn)定性，而該蛋白在溶劑（水）中的溶解又極有利于其穩(wěn)定。但是我看到許多的參考文獻(xiàn)中，Gelec這項(xiàng)通常是負(fù)值，而Gpb這項(xiàng)是正值。 因此我非常困惑，是否我的計(jì)算過(guò)程是有問(wèn)題的，從而計(jì)算得到了這種本身就不合理的結(jié)果？還是說(shuō)，計(jì)算過(guò)程和結(jié)果可能是正確的，而我計(jì)算的這個(gè)蛋白系統(tǒng)就如同計(jì)算所呈現(xiàn)的一般？ 請(qǐng)見(jiàn)諒問(wèn)題可能比較粗淺……求大神們指點(diǎn)！！ |
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