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關(guān)于MS軟件中的DMol3模塊的一些問題想請高人講解！ 已有2人參與
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我們現(xiàn)在正在學(xué)催化方面的一些計算，由于剛剛學(xué)習(xí)，所以很多都不懂，最近老師讓我按一篇文獻上的計算方法進行相關(guān)計算，但是我看的不是太懂，所以請對這方面有了解的人指點一二，文獻內(nèi)容如下： 用Materials Studio軟件包中的DMol3模塊進行所有的DFT計算。 （111）晶面作為熱力學(xué)最穩(wěn)定的表面，是常見的金屬催化劑中含量最多的晶面。因此，我們選取Pd（111）晶面作為我們的模型催化劑，采用周期性超晶胞模型來模擬。對低覆蓋度Pd（111）表面建立周期性三層層晶p（2×2）模型，每層含有四個Pd原子；而對于相對高的覆蓋度表面采用三層（√3×√3）R30°模型來模擬，每層含有三個Pd原子。為了減少周期性層板之間的相互作用，Pd（111）薄面預(yù)留10A的真空層。計算過程采用Monkhorst-Pack方法自動生成的（6×6×2）K點設(shè)置。在幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化過程中，底層的Pd原子固定在其體相點陣（3.891A），其余原子坐標(biāo)完全放松弛豫。所有的反應(yīng)都發(fā)生在Pd（111）平板模型的一側(cè)，每個超晶胞只允許吸附一個被吸附物分子。其相對應(yīng)的表面覆蓋度為1/4和1/3.對體系能量、梯度、位移設(shè)置的迭代收斂標(biāo)準分別為1×10＾-5Hartree、2×10＾-3Hartree/A/5×10＾-3A. 我想問一下： 1、“對低覆蓋度Pd（111）表面建立周期性三層層晶p（2×2）模型，每層含有四個Pd原子。”中怎么建立三層的層晶？和p（2×2）在哪里設(shè)置？ 2、“對于相對高的覆蓋度表面采用三層（√3×√3）R30°模型來模擬”中（√3×√3）R30°模型在MS中哪里找到這個模型？ 3、“為了減少周期性層板之間的相互作用，Pd（111）薄面預(yù)留10A的真空層”中怎么預(yù)留10A的真空層，在哪輸入？ 4、Monkhorst-Pack方法是什么方法？ 5、“在幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化過程中，底層的Pd原子固定在其體相點陣（3.891A），其余原子坐標(biāo)完全放松弛豫。”中底層的Pd原子怎么固定在它的體相點陣3.891A中？ 以上就是我的問題，希望有高人能來解答，非常感謝！ |
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2樓2016-06-23 10:36:03
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
圣明3344: 金幣+50, ★★★很有幫助, 謝謝！ 2016-06-23 22:31:37
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1、先build——surface——cleave出111面，下面有選擇截取深度。 建好真空層后build——symmetry——supercell，建立2×2超胞。 2.MS不可能有所有的原型。自己建。 3、截取111面后，build——carystals——build vaccum slab 設(shè)置10A 真空層 4、建布里淵區(qū)的方法。 5、在xsd文件晶體中選定你要固定的原子，modify——constant——fix fractional position 這東西自己玩玩就會了。 |
3樓2016-06-23 19:57:23
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