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lujunjing新蟲 (初入文壇)
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[求助]
模擬聚合物擴(kuò)散系數(shù)力場選擇問題
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本人目前想做PDMS中分子的擴(kuò)散系數(shù)的問題，參考了《含硅聚合物中小分子擴(kuò)散行為的分子模擬》的一些基本設(shè)置，其中遇到了一些問題想請教一下大家 （1）文中使用COMPASS力場得到密度為0.969，PCFF得到密度為1.011，實驗測得密度為0.971，因此作者認(rèn)為COMPASS力場更合適；而我經(jīng)過與他一樣的建立分子，建立格子，能量最小化，退火，NPT平衡后得到使用COMPASS力場得到密度略微大于1，PCFF得到密度為0.96左右，使用各種非鍵的組合基本都是這種情況，想問一下是應(yīng)該按照我目前的模擬結(jié)果認(rèn)為PCFF力場更適合模擬還是有其他什么原因我沒有考慮到。 （2）只用密度相近認(rèn)為模擬參數(shù)可行是否合適？ （3）由于我研究的是液體硅油，而文獻(xiàn)中常報道的是PDMS膜或者熔融體，請問它們之間擴(kuò)散系數(shù)會有什么差別？在模擬中建立模型有什么區(qū)別？ （4）對于實驗中測得的擴(kuò)散系數(shù)與模擬在一個什么樣的差別可以認(rèn)為可接受了？ 在此先感謝大家了，祝大家生活愉快，學(xué)業(yè)順利。 |
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lujunjing
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2樓2016-07-04 12:54:27
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結(jié)果差異可能來自以下方面： MS版本、建模方法（例如文中建模過程參考了好幾篇文獻(xiàn)；文中結(jié)構(gòu)優(yōu)化后compass更接近，你的密度加了退火過程） 主觀上講，我覺得用pcff沒問題，畢竟是設(shè)計用來模擬聚合物的，適用范圍里也提到了 siloxanes, silanes 另外，兩個力場都屬于Consistent forcefields，MS里提到COMPASS is a new version of pcff. 用密度相近來判斷力場是否合適是可以的 以前看的一篇文獻(xiàn)《Mechanism of the Stereocomplex Formation between Enantiomeric Poly(lactide)s》 In our calculations，we applied the arithmetic average of both orientations.With 1.21 g/mL, the density of the calculated cell is close to the experimental value, 1.24 g/mL 結(jié)構(gòu)的不同點建議查一下文獻(xiàn)，我不太清楚 |
3樓2016-07-05 09:21:11
lujunjing
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4樓2016-07-06 10:20:15
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