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llddfxy新蟲 (初入文壇)
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[求助]
【TA克隆測序】挑選克隆子的個數(shù) 已有1人參與
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| 分子生物新手，PCR出了某抗性基因目的條帶，想送去做TA克隆測序確認一下是不是真的是目的序列，想請問一下像我這種情況一般需要挑選多少個克隆子測序呢？基因公司建議我選10個，怎么感覺有點多啊... |
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clark2010
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西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2016-07-09 08:20:46
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2016-07-09 08:20:46
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你說的對，不同的菌，抗性基因序列會有差異，所以要多測，反映其多樣性。 但是，100 bp的話，有點短，差異可能不是很大。如果這一段的多樣性比較高，那還好；如果你正好是在保守區(qū)，那測序結(jié)果就幾乎一樣，也就沒法做多樣性了。你blast出來的結(jié)果，目的基因序列都一樣，我個人覺得這段序列是比較保守的，屬于后一種情況，接著做下去，沒多大意義。 當然，以上只是基于你的實驗?zāi)康氖欠治鲈摽剐曰蛟诃h(huán)境中的多樣性而言的。 如果你只是為了驗證環(huán)境中是否有該基因，那么，送1-3個去測序，在blast證明你的PCR結(jié)果確實是P到了該目的基因，不是假陽性，那就可以了。 |
4樓2016-07-08 16:31:52
clark2010
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2樓2016-07-08 05:10:00
llddfxy
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我提的是環(huán)境樣品的總DNA，目的片段是該抗性基因中的一段一百多bp的片段。是因為不同的菌表達該抗性的基因序列會不一樣，所以才要多測嗎？可是我之前用引物blast出來的別人的結(jié)果目的基因序列都一樣啊。我還是不太懂，求指教 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2016-07-08 09:14:59
llddfxy
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5樓2016-07-08 21:29:32
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