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張紅燕Sarah新蟲 (初入文壇)
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[交流]
蛋白質(zhì)膠上酶解
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最近在做蛋白質(zhì)膠上酶解，有幾個(gè)問題提出來請(qǐng)教大家 1）蛋白質(zhì)的膠上酶解效率做到多少比較合適？ 我用BSA試過，膠上酶解效率為46%，據(jù)說要做到>80%才是正常的，本寶寶真的做不到，我用的是Mann的Nature protocol（2006）的方法，對(duì)考染的band做膠上酶解，不知道大家都是怎么做的，酶解效率能做到多少。 2）band單獨(dú)分析，還是混合分析（此處分析指的是后續(xù)的LC-MS分析）？ 切下來的band比較多，混合分析的話就會(huì)很快；單獨(dú)分析對(duì)后續(xù)的LC-MS分析很有壓力，但是當(dāng)band之間豐度差異比較大時(shí)，單獨(dú)分析鑒定的蛋白會(huì)更多。 大家平時(shí)是怎么做的呢？ 3）每個(gè)band單獨(dú)分析，鑒定的蛋白質(zhì)分子量和凝膠電泳的不匹配 就比如，我切的膠是130-170kDa之間的，結(jié)果質(zhì)譜鑒定的蛋白有46kDa的；72-95kDa之間的band，鑒定到了168kDa的蛋白。這是正常現(xiàn)象嗎？ 希望得到各位同仁的幫助  ~~ |
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2樓2016-08-26 17:21:47
張紅燕Sarah
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3樓2016-08-26 20:10:58
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