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新手已上路木蟲 (職業(yè)作家)
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Mol Plant:華中農業(yè)大學嚴建兵發(fā)表玉米基因研究成果 已有3人參與
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2016年7月4日，國際著名學術雜志《Cell》子刊《Molecular Plant》雜志在線發(fā)表了華中農業(yè)大學生命科學技術學院嚴建兵教授課題組的葉片研究論文，論文揭示出在玉米遙遠的表達數(shù)量性狀位點(eQTL)和非編碼序列對調控基因表達和數(shù)量性狀變異中起至關重要的作用。嚴建兵課題組的劉海軍和羅欣為論文共同第一作者，嚴建兵教授為論文通訊作者。 研究人員通過結合簡化基因組測序(GBS)、高密度陣列技術，和以往來自368個不同玉米自交系的深度RNA測序數(shù)據，鑒別出了次要等位基因頻率(MAF)大于0.05的1.25M SNPs。在較大且不同的自然樣本中平衡的等位基因頻率和分布，幫助鑒別出了與1.8萬多個基因(63.4%的測試基因)相關的eQTLs。他們發(fā)現(xiàn)在整個基因組中遙遠的eQTLs更常見(約75%的eQTLs)。利用這一新數(shù)據集，研究人員鑒別出了13個影響玉米粒油濃度的新相關位點。其中，一個基因位點通過控制其他三個已知的油相關基因的表達影響了粒油變化。研究為擴展對玉米基因組內轉錄組變異細胞調控機制和功能性變異景觀的了解，由此增進對數(shù)量性狀變異的認識提供了重要的資源。 原文鏈接： 原文摘要： A detailed understanding of the genetic architecture of mRNA expression by millions of genetic variants is important for studying quantitative trait variation. In this study, we identified 1.25M SNPs with a minor allele frequency (MAF) greater than 0.05 by combining reduced genome sequencing (GBS), high-density array technologies (600K), and previous deep RNA-sequencing data from 368 diverse inbred lines of maize. The balanced alleleic frequencies and distributions in a relatively large and diverse natural panel helped to identify eQTLs associated with more than 18,000 genes (63.4% of tested genes). We found that distant eQTLs were more frequent (～75% of all eQTLs) across the whole genome. Thirteen novel associated loci affecting the maize kernel oil concentration were identified using the new dataset. Among which, one intergenic locus could affect the kernel oil variation by controlling expression of three other known oil related genes. Altogether, this study provided resources for expanding our understanding of the cellular regulatory mechanisms of transcriptome variation and the landscape of functional variants within the maize genome, thereby enhancing the understanding of quantitative variations. |
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