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ilovecats木蟲(chóng) (正式寫手)
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[求助]
pathway上未被本次測(cè)序注釋到的酶，產(chǎn)物是否存在于樣品中 已有1人參與
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各位專家好，我有個(gè)樣品做了KEGG pathway分析（如圖），紅框表示能被本次測(cè)序的基因注釋到的酶或RNA調(diào)節(jié)子。藍(lán)框表示雖然存在于KEGG分類體系中，但未被本次測(cè)序注釋到。圖中是tryptophan metabolism的pathway. 請(qǐng)問(wèn)： 1.圖左上角的4,6-dihydroxy-quinoline是否會(huì)在我的樣品中生成？因?yàn)樯赏緩街械?.5.1.9、1.13.11.52等酶都是藍(lán)色的（本次測(cè)序未注釋到），但末端的4.1.1.28和1.4.3.4都是紅色的（說(shuō)明本樣品能注釋到）。 2.圖正上方的5-hydroxy-indolepyruvate是否會(huì)在我的樣品中生成？生成途徑中的酶全是藍(lán)色的（本次測(cè)序未注釋到）。 謝謝各位~ pathway.png |
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ilovecats
木蟲(chóng) (正式寫手)
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5樓2016-08-25 19:15:02
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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Kegg給出的Pathway一般都是reference pathway，也就是說(shuō)一個(gè)大體的草稿，能讓你把基本骨架建立起來(lái) 但是這并不代表每一個(gè)樣本就是這種，要根據(jù)自己的情況進(jìn)行修改調(diào)整（比如標(biāo)準(zhǔn)菌是A種情況，可能其他亞種就會(huì)有A'情況，多一條少一條通路都有可能，更不用說(shuō)酶了） 有可能里面沒(méi)有點(diǎn)亮的在你的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)里有，就需要點(diǎn)亮 有可能里面點(diǎn)亮的你的樣本數(shù)據(jù)沒(méi)有，這個(gè)就有多種情況的謹(jǐn)慎考慮和處理 這玩意，看似簡(jiǎn)單，其實(shí)非常麻煩。 |
2樓2016-08-24 16:10:49
ilovecats
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3樓2016-08-25 03:45:34
4樓2016-08-25 17:40:07
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