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lammps 簡單模型弛豫時(shí)周期邊界出問題。 已有2人參與
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問題：利用lammps建立一個(gè)矩形，x和y方向?yàn)橹芷�，z方向?yàn)榉侵芷冢?p p m) ,利用NVT弛豫（300K），發(fā)現(xiàn)周期邊界處的原子混亂; 如果把(p p m) 改為(p m m)，發(fā)現(xiàn)還是周期邊界方向出現(xiàn)混亂，如下圖。不知什么原因？謝謝！ lammps腳本 #initialize units metal boundary p p m atom_style atomic #============================================================================ # difinition of variable #============================================================================ variable T0 equal 300 #K variable dis equal 15 variable edge equal 20 variable h equal $r+3+${dis} variable subup equal 0 variable subdw equal -20 variable fixedline equal ${subdw}*0.75 variable bxl equal -${r}-${edge} variable bxr equal ${r}+${edge} variable byl equal -${r}-${edge} variable byr equal ${r}+${edge} variable bzl equal ${subdw}-${edge} variable bzr equal $h+$r+${edge} #============================================================================ # build group #============================================================================ region box block ${bxl} ${bxr} ${byl} ${byr} ${bzl} ${bzr} units box create_box 2 box #box 中原子類型分類有6種 lattice fcc 3.61505 #orient x 1 0 0 orient y 0 1 1 orient z 0 -1 1 region rsubtrate1 block INF INF INF INF ${subdw} ${subup} units box region rsubtrate intersect 2 box rsubtrate1 create_atoms 1 region rsubtrate group gsubtrate region rsubtrate region rsubactive1 block INF INF INF INF ${fixedline} ${subup} units box region rsubactive intersect 2 box rsubactive1 group gsubactive region rsubactive group gsubfixed subtract gsubtrate gsubactive set group gsubfixed type 2 pair_style eam/alloy pair_coeff * * CuAg.eam.alloy Cu Cu #============================================================================ # setting #============================================================================ timestep 0.001 #fs thermo_style custom step temp etotal ke pe press vol neighbor 0.5 bin neigh_modify every 5 delay 0 check yes #============================================================================ # # initial velocities #============================================================================ thermo 100 velocity all create ${T0} 482748 dist gaussian fix 1 all nvt temp ${T0} ${T0} 0.1 drag 0.2 #保持初始溫度，在NVT下弛豫 dump 2 all atom 100 relax_ball.lammpstrj run 800 周期為 p p m 周期為 p m m |
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9樓2016-08-26 08:35:53
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這個(gè)是你的region和create-atoms命令的問題，邊界是周期性的時(shí)候必須保證尺寸是晶格常數(shù)的整數(shù)倍，并且原子跨過邊界后不會發(fā)生重疊，你的結(jié)果是不滿足這些導(dǎo)致的，如果想省事，create-atom用參數(shù)box代替region 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
tspillar10樓2016-08-28 00:43:29
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