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lisu555

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[求助] 利用侯老師的腳本VASP截?cái)嗄軠y試出現(xiàn)問題如下，怎么解決呢？！已有1人參與

[root@localhost SI-ecut-lda-us]# bash ecut.sh
ENCUT = 100 eV
running on 1 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 1 groups
vasp.5.2.11 18Jan11 complex
POSCAR found :  1 types and    2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR found :  1 types and    2 ions
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(          1 )
WAVECAR not read
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp5.2          0000000000DD9D8C  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2          0000000000CBA5E9  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2          000000000075DFFB  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2          0000000000AA3FAA  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2          0000000000459676  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2          000000000043430C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       000000327801ED5D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2          0000000000434209  Unknown             Unknown  Unknown
ENCUT = 150 eV
running on 1 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 1 groups
vasp.5.2.11 18Jan11 complex
POSCAR found :  1 types and    2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR found :  1 types and    2 ions
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(          1 )
WAVECAR not read
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
ecut.sh: line 3:  8210 段錯(cuò)誤             (core dumped) vasp5.2
ENCUT = 200 eV
running on 1 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 1 groups
vasp.5.2.11 18Jan11 complex
POSCAR found :  1 types and    2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR found :  1 types and    2 ions
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(          1 )
WAVECAR not read
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
ENCUT = 250 eV
running on 1 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 1 groups
vasp.5.2.11 18Jan11 complex
POSCAR found :  1 types and    2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR found :  1 types and    2 ions
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(          1 )
WAVECAR not read
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source

Stack trace terminated abnormally.

run_ecut.sh  腳本如下：

#!/bin/sh
rm -rf WAVECAR
for i in 100 150 200 250
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = bbc Fe
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp5.2
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $i $E >>comment
done
哪位大俠幫忙分析一下謝謝！

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1樓 2016-08-29 19:02:58

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hs0218

金蟲 (正式寫手)

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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蛋蛋小童鞋: 金幣+2, 謝謝參與，小木蟲鼓勵(lì)積極回帖 2016-08-31 21:21:52
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lisu555: 金幣+3, ★★★很有幫助 2016-09-05 02:19:53

腳本和單獨(dú)多建幾個(gè)文件夾算沒什么區(qū)別，你需要找出是你搭建體系的問題還是這個(gè)腳本的問題需要自己去找原因
再說，初學(xué)者都是自己自己一步步嘗試著學(xué)vasp的不要試圖一下子做的很快捷做出高效率，要不然出錯(cuò)了就這樣

建議單獨(dú)跑一個(gè)文件然后自己寫個(gè)簡單的bash，這樣你會(huì)收獲很多。

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路漫漫其修遠(yuǎn)兮

7樓2016-08-31 20:37:04

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從心而覓

新蟲 (小有名氣)

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其實(shí)我是對(duì)這個(gè)腳本存在疑問的，因?yàn)椴]有說明怎么調(diào)用節(jié)點(diǎn)（或者我沒看到？）另外樓主怎么提交腳本的呢？

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2樓2016-08-30 08:04:40

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lisu555

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引用回帖:

2樓: Originally posted by 從心而覓 at 2016-08-30 08:04:40
其實(shí)我是對(duì)這個(gè)腳本存在疑問的，因?yàn)椴]有說明怎么調(diào)用節(jié)點(diǎn)（或者我沒看到？）另外樓主怎么提交腳本的呢？

我用的是CentOS系統(tǒng)：dos2unix run_ecut→bash run_ecut即可。

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3樓2016-08-30 09:32:13

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從心而覓

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引用回帖:

3樓: Originally posted by lisu555 at 2016-08-30 09:32:13
我用的是CentOS系統(tǒng)：dos2unix run_ecut→bash run_ecut即可。...

首先給你的頭像點(diǎn)個(gè)贊哈，真好玩。
這個(gè)問題我也遇到過，我的觀點(diǎn)是“time vasp5.2”這個(gè)命令并不適用所以系統(tǒng)，因此沒辦法分配節(jié)點(diǎn)，但我現(xiàn)在沒有解決這個(gè)問題。
你可以把那個(gè)腳本文件，直接變成POSCAR，把里面的循環(huán)刪掉，一個(gè)一個(gè)算。最后也可以擬合。
另外我想問一下你不用這個(gè)腳本，直接提交vasp任務(wù)的命令是什么?

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4樓2016-08-30 10:03:01

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