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求問
我有兩個(gè)處理，純菌，其中一個(gè)處理的微生物生長(zhǎng)更快、繁殖更快。
我想從蛋白或者分子生物學(xué)層面給一個(gè)測(cè)試結(jié)果，說明確實(shí)生理活性很高繁殖得快。

應(yīng)該測(cè)什么東西呢？比如測(cè)基因表達(dá)，應(yīng)該測(cè)什么基因的表達(dá)？代謝相關(guān)的嗎？代謝相關(guān)的是什么基因……？

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1樓 2016-09-09 08:52:36

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3樓: Originally posted by wuyundang at 2016-09-09 09:48:15
做了RNA-seq，但是不是很明白哪個(gè)基因才與它的生長(zhǎng)繁殖有關(guān)。
整個(gè)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中，顯著上調(diào)的基因數(shù)并不多，只有不到一百個(gè)，通過KEGG分析，沒有看到那條通路有明顯的上調(diào)（主要是上調(diào)的基因數(shù)少）。所以我想先找到 ...

這個(gè)通過文獻(xiàn)調(diào)研，基因不到100個(gè)，都查一下時(shí)間也不會(huì)很久的，在NCBI中都查下，自己再選出其中與繁殖（增值）相關(guān)的基因，可能到最后也不會(huì)很多的。還有就是上調(diào)和下調(diào)都有可能影響繁殖的。你也可以查一部分，比如查夠5個(gè)基因，自己再走下定量驗(yàn)證下是不是和RNA-seq結(jié)果一致，確定了研究目標(biāo)后，再往下做。

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4樓2016-09-09 09:57:20

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【答案】應(yīng)助回帖

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xn8008: 金幣+1, 歡迎發(fā)帖提問 2016-09-09 09:09:47
wuyundang: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝 2016-09-09 10:48:21

你可以查下你（其他）細(xì)菌的相關(guān)文獻(xiàn)，看看有沒有具體的基因參與生長(zhǎng)調(diào)控的，然后做下這個(gè)基因的RT-qPCR看看該基因是否變化。當(dāng)然，如果有錢的話，可以收集處理和不處理的細(xì)菌的total RNA，做個(gè)RNA-seq，挑選出其中的差異基因，再進(jìn)行文獻(xiàn)調(diào)研，確定你要研究的基因。

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2樓2016-09-09 09:06:38

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2樓: Originally posted by kuaile5420 at 2016-09-09 09:06:38
你可以查下你（其他）細(xì)菌的相關(guān)文獻(xiàn)，看看有沒有具體的基因參與生長(zhǎng)調(diào)控的，然后做下這個(gè)基因的RT-qPCR看看該基因是否變化。當(dāng)然，如果有錢的話，可以收集處理和不處理的細(xì)菌的total RNA，做個(gè)RNA-seq，挑選出其中 ...

做了RNA-seq，但是不是很明白哪個(gè)基因才與它的生長(zhǎng)繁殖有關(guān)。
整個(gè)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中，顯著上調(diào)的基因數(shù)并不多，只有不到一百個(gè)，通過KEGG分析，沒有看到那條通路有明顯的上調(diào)（主要是上調(diào)的基因數(shù)少）。所以我想先找到與它“繁殖”速率相關(guān)的基因。

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3樓2016-09-09 09:48:15

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5樓2016-09-09 10:14:30

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-09-10 22:36:22

在NCBI種查詢基因功能有兩種辦法：一個(gè)是直接在pubmed進(jìn)行文獻(xiàn)搜索，輸入這個(gè)基因名稱+細(xì)菌，或者直接輸入該基因名稱，進(jìn)入摘要，看是否與增值（繁殖）有關(guān)系，如果有的話沒就算找到一個(gè)基因；另外一種就是在NCBI的gene數(shù)據(jù)庫(kù)中輸入該基因，在檢索界面選擇相應(yīng)物種，查看該基因功能。

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6樓2016-09-09 13:17:26

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請(qǐng)問你菌的生長(zhǎng)更快是跟指它通過一些改造以后跟原始菌相比還是？

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向我乞求憐憫吧，我會(huì)狠狠拒絕的。

7樓2016-09-10 14:49:04

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蛋白還有磷元素的。可以給個(gè)例子么

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耐心說話，好好說話！

8樓2016-09-11 07:46:42

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6樓: Originally posted by kuaile5420 at 2016-09-09 13:17:26
在NCBI種查詢基因功能有兩種辦法：一個(gè)是直接在pubmed進(jìn)行文獻(xiàn)搜索，輸入這個(gè)基因名稱+細(xì)菌，或者直接輸入該基因名稱，進(jìn)入摘要，看是否與增值（繁殖）有關(guān)系，如果有的話沒就算找到一個(gè)基因；另外一種就是在NCBI的 ...

多謝多謝，我查查試試

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9樓2016-09-11 13:13:17

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7樓: Originally posted by zyfskj at 2016-09-10 14:49:04
請(qǐng)問你菌的生長(zhǎng)更快是跟指它通過一些改造以后跟原始菌相比還是？

是指我有不同的培養(yǎng)條件。通過提取總蛋白，可以看到處理組比對(duì)照組生長(zhǎng)的生物膜更多，這時(shí)候已經(jīng)看到它們?cè)鲋�、生物膜的生長(zhǎng)更快了。
于是我認(rèn)為它自身的代謝或者繁殖能力應(yīng)該是增強(qiáng)了的，我想用一個(gè)分子生物學(xué)層面的數(shù)據(jù)這個(gè)意思：它確實(shí)增強(qiáng)了。比如說整體代謝的基因變強(qiáng)了，不過我不知道應(yīng)該找那些個(gè)具有代表性的基因。

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10樓2016-09-11 13:16:07

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