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新手已上路木蟲 (職業(yè)作家)
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基因組測序研究，中國學者再立新功
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The scientist雜志對近期最熱門的一些基因組測序成果進行了盤點，我國學者參與的兩項測序研究格外引人注目。 種屬：虎鯨（Orcinus orca） 基因組：2.4 billion bp 和人類一樣，虎鯨也有自己的文化。這種文化就是虎鯨從自己社群學到的行為。有的虎鯨群體相互協(xié)作將魚趕到一起，有的虎鯨群體更喜歡圍困海豹。為了明確這些行為的遺傳學影響，研究人員對5個不同群體的50頭虎鯨進行基因組測序，包括生活在北極和南極的虎鯨。相關(guān)論文發(fā)表在5月31日的Nature Communications雜志上。 研究指出，上述虎鯨群體來自二十五萬年前的共同祖先。雖然它們的地理分布相互重疊，但卻在進化過程中各自獨立演化。這項研究還表明，文化不僅是虎鯨生活中的重要因素，也推動了虎鯨的遺傳進化。（原文：Genome-culture coevolution promotes rapid divergence of killer whale ecotypes） 種屬：巴西橡膠樹（Hevea brasiliensis） 基因組：1.55 billion bp 巴西橡膠樹（Hevea brasiliensis）生產(chǎn)豐富的乳膠（或稱天然橡膠），大戟科（Euphobiaceae）其他植物都沒有這樣的能力。6月24日Scientific Reports雜志發(fā)布了巴西橡膠樹的基因組序列，揭示了其橡膠生產(chǎn)能力的遺傳學基礎。 研究人員將巴西橡膠樹的基因組序列與大戟科其他植物進行比較，包括木薯和蓖麻籽。他們發(fā)現(xiàn)，負責橡膠合成的基因家族在橡膠樹基因組中擴張了八倍多。鑒定涉及天然橡膠生成的基因，可以幫助人們探索制造橡膠的新途徑�！拔覀兿Ｍㄟ^改造橡膠合成通路提升橡膠的產(chǎn)量和質(zhì)量，或者想辦法用微生物或綠藻生產(chǎn)橡膠，”這項研究的共同作者Minami Matsui說。（原文：The rubber tree genome shows expansion of gene family associated with rubber biosynthesis） 種屬：蔓花生（Arachis duranensis） 基因組：1.05 billion bp 花生過敏是世界上最常見的一種食物過敏，在美國每千名兒童中就有八人對花生過敏。最近中外研究者對花生祖先（蔓花生）進行了全面的基因組分析，并將結(jié)果發(fā)表在六月十四日的美國國家科學院院刊PNAS雜志上。這篇文章的通訊作者包括山東省農(nóng)科院花生研究所的禹山林（Shanlin Yu）研究員和廣東省農(nóng)科院作物研究所的梁炫強（Xuanqiang Liang）研究員。 花生是落花生和蔓花生雜交產(chǎn)生的，其四倍體基因組在2014年就已經(jīng)被測序。為了鑒定花生基因組中來自祖先的序列，研究人員決定分別破譯落花生和蔓花生的基因組。他們的初步結(jié)果于今年二月發(fā)表在Nature雜志上�，F(xiàn)在研究人員又測序了十個蔓花生新樣本，將基因組序列與其它引發(fā)過敏的堅果進行比較。研究顯示，蔓花生擁有21個過敏原基因，其中有9個基因也存在于花生基因組中。（原文：Draft genome of the peanut A-genome progenitor (Arachis duranensis) provides insights into geocarpy, oil biosynthesis, and allergens） 種屬：滇金絲猴（Rhinopithecus bieti） 基因組：3.52 billion bp 滇金絲猴生活在海拔很高的青藏高原上，是一種非常珍稀的靈長類動物。云南大學、中科院昆明動物研究所、中科院北京基因研究所等10多家研究機構(gòu)對滇金絲猴進行基因組測序，鑒定了幫助這些動物在高海拔生存的基因。這項研究成果發(fā)表在7月11日的Nature Genetics雜志上，文章通訊作者是云南大學的于黎（Li Yu）研究員、中科院昆明動物研究所的張亞平（Ya-Ping Zhang）院士、以及中科學北京基因組研究所的吳仲義（Chung-I Wu）院士。 研究人員將滇金絲猴的基因組序列與生活在高海拔地區(qū)的川金絲猴和緬甸金絲猴、生活在低海拔地區(qū)的黔金絲猴和越南金絲猴進行比較。研究顯示，高海拔地區(qū)的金絲猴共享六個基因的堿基替代，這些基因在肺功能、DNA修復和血管生成中起作用。此外，滇金絲猴基因組中的DNA損傷應答基因發(fā)生了顯著擴展。 與此同時，中科院動物研究所的李明（Ming Li）研究員和諾和致源的李瑞強（Ruigiang Li）博士也在《Molecular Biology and Evolution》雜志上發(fā)布了他們的滇金絲猴基因組研究結(jié)果。 種屬：油橄欖 基因組：1.38 billion bp 橄欖樹是人類最早馴化的植物之一。如今地中海地區(qū)種植著一千多種橄欖樹，這已經(jīng)成為當?shù)氐闹匾?jīng)濟資源。巴塞羅那的研究人員測序了一株油橄欖的基因組，發(fā)現(xiàn)這個品種與其它橄欖樹分開之后出現(xiàn)了基因組加倍。他們計劃對不同國家的橄欖樹進行基因組比較，以便更好的理解橄欖樹對不同環(huán)境條件的適應。這樣的研究將對橄欖樹育種產(chǎn)生很大的幫助。（原文：Genome sequence of the olive tree, Olea europaea） 種屬：鼯猴（Galeopterus variegates） 基因組：3.2 billion bp 鼯猴是在東南亞森林中滑翔的小型哺乳動物。人們一直很難確定這些動物的分類，因為它們擁有多種不同動物的特征。八月十日Science Advances雜志發(fā)表的一項研究解決了這個問題。研究指出，在進化樹上鼯猴應該排在靈長動物的旁邊。 德克薩斯農(nóng)工大學的研究人員測序了一只雄性鼯猴的基因組，并將其DNA序列與其它21種哺乳動物進行比較。他們的分析結(jié)果表明，鼯猴其實是靈長動物的姐妹群。研究人員還對博物館中的鼯猴樣本進行了DNA分析，發(fā)現(xiàn)鼯猴至少可以分為七個種系。鼯猴的棲息地正面臨著嚴重威脅，人們亟需修訂之前的保護措施。（原文：Genomic analysis reveals hidden biodiversity within colugos, the sister group to primates） |
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