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xd88225906金蟲 (著名寫手)
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[求助]
高通量測(cè)序相關(guān)問題
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1.請(qǐng)問高通量測(cè)序的unclassified的屬占將近20%，這個(gè)代表什么意義呢，感覺好高啊，其余的最大比例的屬才占7%，是測(cè)序深度不夠嗎？ 2.另外，看測(cè)序深度一般看哪幾個(gè)曲線或指標(biāo)呢？文獻(xiàn)中有看Coverage，稀釋曲線，還有用Shannon曲線來看的，我的稀釋曲線沒有到平臺(tái)期，但是Coverage有0.96以上，Shannon曲線有平臺(tái)期，那我的測(cè)序深度到底夠嗎？ 3.比較不同組間的百分比可以嗎？是不是要大很多才有意義？ 請(qǐng)大神指導(dǎo)下，第一次做高通量，看不太懂報(bào)告。 @zslddt @zslddt 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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xd88225906
金蟲 (著名寫手)
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- 紅花: 4
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- 注冊(cè): 2012-02-03
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- 專業(yè): 環(huán)境工程
3樓2016-09-26 14:58:19
★ ★ ★
xd88225906(gaofeng925代發(fā)): 金幣+3, 積極應(yīng)助 2016-09-26 10:05:18
xd88225906(gaofeng925代發(fā)): 金幣+3, 積極應(yīng)助 2016-09-26 10:05:18
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1 unclassified表示沒有鑒別出來的，就是拿測(cè)出來的序列，放到數(shù)據(jù)庫里進(jìn)行比，有20%的屬是鑒別不出來的。這個(gè)主要跟數(shù)據(jù)庫有關(guān)。舉個(gè)例子，書上有100中蘑菇，你拿著這本書去森林里比對(duì)蘑菇，根據(jù)書本的信息，森林里80%的蘑菇可以叫出名字，20%的蘑菇書上沒有，因?yàn)橹皼]人發(fā)現(xiàn)或者命名過，就叫不上名字了。這個(gè)20%的蘑菇，就是你測(cè)出來的但是沒有比對(duì)上的unclassified的屬。 2 測(cè)序深度主要看稀釋曲線，coverage主要是說覆蓋度，0.96說明測(cè)了96%，shannon曲線主要是看微生物的多樣性指數(shù)。 3 不知道你比較百分比的目的哈！要根據(jù)你的實(shí)驗(yàn)?zāi)康模瑏碜龇治龉?br /> 其實(shí)這些你可以找測(cè)序公司咨詢。測(cè)序公司應(yīng)該都會(huì)提供這些售后指導(dǎo)服務(wù)的。（像我們公司就提供哈  ） |
2樓2016-09-26 09:53:51
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