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[求助] lammps讀data文件求助！已有1人參與

求助：
在lammps上用read_data命令，讀入多個文件時，出現(xiàn)以下錯誤：
Error :Expected floating point parameter in input or data file . . /read_data.cpp 164

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不忘初心

1樓 2016-09-24 23:03:52

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

data文件的格式不對，在應(yīng)該出現(xiàn)浮點(diǎn)數(shù)的地方不知道出現(xiàn)了啥，發(fā)上來看看

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tina張

2樓2016-09-25 17:24:22

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引用回帖:

4樓: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-26 09:47:44
貌似是data文件里少了盒子邊界的定義，我加上

-1.7046925403980140e-01 8.0636966986120024e+01 xlo xhi
-1.8855463730960764e-01 4.0308151492031038e+01 ylo yhi
-2.5465666718138280e-01 6.25546566666397 ...

十分感謝�。�！我還有一個問題，就是多次讀入data文件，atom_ID設(shè)置在哪里比較合適，我如果用add  offset的命令后，老出現(xiàn)非法定義的錯誤，我如果要讀入data文件是另一個元素，應(yīng)該在第一個read_data命令，加上keyword extra/atom/types  9(總共九個元素)
這個data文件設(shè)置的對么

LAMMPS data file from restart file: timestep=10000,procs=1

16679 atoms

1 atom types

-10e-01  32.517e+01  xlo xhi
-7e-01  14.85e+01 ylo yhi
-10-10e-01  20.244e+01 zlo zhi

Masses

1  15.999400 # o*
2 1.007970 # h*
3 63.546  # Cu
4 63.546  # Cu
5 63.546  # Cu
6 63.546  # Cu
7 63.546  # Cu
8 63.546  # Cu
9 12  # C

Atoms

1 9 3.56 14.24 24.92 0 0 0
2 9 3.56 14.24 28.48 0 0 0
3 9 3.56 14.24 32.04 0 0 0
4 9 3.56 14.24 35.6 0 0 0

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5樓2016-09-26 15:42:31

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引用回帖:

2樓: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-25 17:24:22
data文件的格式不對，在應(yīng)該出現(xiàn)浮點(diǎn)數(shù)的地方不知道出現(xiàn)了啥，發(fā)上來看看

你看，這是一部分data文件，但是要讀入一個data文件的話，data文件并沒有任何問題啊
LAMMPS data file from restart file: timestep = 100000, procs = 8 (30 25 30）

16679 atoms

9 atom types
1 bond types
1 angle types

Masses

1  15.999400 # o*
2 1.007970 # h*
3 63.546  # Cu
4 63.546  # Cu
5 63.546  # Cu
6 63.546  # Cu
7 63.546  # Cu
8 63.546  # Cu
9 12  # C

ATOMS

1 7 3.56 14.24 24.92 0 0 0
2 7 3.56 14.24 28.48 0 0 0
3 7 3.56 14.24 32.04 0 0 0
4 7 3.56 14.24 35.6 0 0 0
5 7 3.56 17.8 21.36 0 0 0
6 7 3.56 17.8 24.92 0 0 0
7 7 3.56 17.8 28.48 0 0 0
8 7 3.56 17.8 32.04 0 0 0
9 7 3.56 17.8 35.6 0 0 0
10 7 3.56 17.8 39.16 0 0 0
11 7 3.56 21.36 17.8 0 0 0
12 7 3.56 21.36 21.36 0 0 0
13 7 3.56 21.36 24.92 0 0 0
14 7 3.56 21.36 28.48 0 0 0
15 7 3.56 21.36 32.04 0 0 0
16 7 3.56 21.36 35.6 0 0 0
17 7 3.56 21.36 39.16 0 0 0
18 7 3.56 21.36 42.72 0 0 0
19 7 3.56 24.92 17.8 0 0 0
20 7 3.56 24.92 21.36 0 0 0
21 7 3.56 24.92 24.92 0 0 0
22 7 3.56 24.92 28.48 0 0 0
23 7 3.56 24.92 32.04 0 0 0
24 7 3.56 24.92 35.6 0 0 0
25 7 3.56 24.92 39.16 0 0 0
26 7 3.56 24.92 42.72 0 0 0
27 7 3.56 28.48 17.8 0 0 0
28 7 3.56 28.48 21.36 0 0 0
29 7 3.56 28.48 24.92 0 0 0
30 7 3.56 28.48 28.48 0 0 0
31 7 3.56 28.48 32.04 0 0 0
32 7 3.56 28.48 35.6 0 0 0

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3樓2016-09-26 09:03:15

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tina張: 金幣+10, ★★★★★最佳答案, 十分感謝！�。� 2016-09-26 15:43:37

引用回帖:

3樓: Originally posted by tina張 at 2016-09-26 09:03:15
你看，這是一部分data文件，但是要讀入一個data文件的話，data文件并沒有任何問題啊
LAMMPS data file from restart file: timestep = 100000, procs = 8 (30 25 30）

16679 atoms

9 atom types
1 bond ty ...

貌似是data文件里少了盒子邊界的定義，我加上

-1.7046925403980140e-01 8.0636966986120024e+01 xlo xhi
-1.8855463730960764e-01 4.0308151492031038e+01 ylo yhi
-2.5465666718138280e-01 6.2554656666639701e+01 zlo zhi

以后是可以讀的，另外你的read_data格式寫對了嗎？

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附件 1 : in.read

2016-09-26 09:46:33, 601 bytes

附件 2 : try1.dat

2016-09-26 09:46:33, 596 bytes

附件 3 : try2.dat

2016-09-26 09:46:33, 590 bytes

4樓2016-09-26 09:47:44

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引用回帖:

5樓: Originally posted by tina張 at 2016-09-26 15:42:31
十分感謝�。�！我還有一個問題，就是多次讀入data文件，atom_ID設(shè)置在哪里比較合適，我如果用add offset的命令后，老出現(xiàn)非法定義的錯誤，我如果要讀入data文件是另一個元素，應(yīng)該在第一個read_data命令，加上key ...

這是定義的問題，仔細(xì)看手冊再慢慢試吧。

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tina張

6樓2016-09-26 19:37:30

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引用回帖:

6樓: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-26 19:37:30
這是定義的問題，仔細(xì)看手冊再慢慢試吧。...

那為什么我用你的命令怎么還說我非法定義
variable                   sphere string data.dat
variable                   waterbe string  water1.data
variable                   waterup string  water2.data
read_data                ${waterbe}
read_data                water1.data
Reading data file ...
  orthogonal box = (-1 -1 -1) to (325.17 148.5 202.44)
  4 by 4 by 1 MPI processor grid
  reading atoms ...
  37200 atoms
  scanning bonds ...
  2 = max bonds/atom
  scanning angles ...
  1 = max angles/atom
  reading bonds ...
  24800 bonds
  reading angles ...
  12400 angles
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
  2 = max # of 1-2 neighbors
  1 = max # of 1-3 neighbors
  1 = max # of 1-4 neighbors
  2 = max # of special neighbors
read_data                   ${waterup} add    0
read_data                   water2.data add    0
ERROR: Illegal read_data command (../read_data.cpp:164)
這是第一個data文件
LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for Sketch

  37200 atoms
  24800 bonds
  12400 angles
   0 dihedrals
   0 impropers

9 atom types
1 bond types
1 angle types


-10e-01  32.517e+01  xlo xhi
-10e-01  14.85e+01 ylo yhi
-10e-01  20.244e+01 zlo zhi
Masses

1  15.999400 # o*
2 1.007970 # h*
3 63.546  # Cu
4 63.546  # Cu
5 63.546  # Cu
6 63.546  # Cu
7 63.546  # Cu
8 63.546  # Cu
9 12  # C

Bond Coeffs # harmonic

1 540.6336    0.9600 # o*-h*

Angle Coeffs # harmonic

1 50.0000 104.5000 # h*-o*-h*

Atoms # full

   1    1 1 -0.820000    8.018998451    2.540890217    0.955299609 0 0 0 # o*
   2    1 2  0.410000    8.609850421    3.119996727    0.452578854 0 0 0 # h*
   3    1 2  0.410000    7.374236306    2.239286862    0.299946918 0 0 0 # h*
   4    1 1 -0.820000 39.118998451    2.540890217    0.955299609 0 0 0 # o*
   5    1 2  0.410000 39.709850421    3.119996727    0.452578854 0 0 0 # h*
這是第二個data文件

LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for Sketch

37200 atoms
24800 bonds
12400 angles
0 dihedrals
0 impropers

9 atom types
1 bond types
1 angle types

-10e-01 3.25E+02 xlo xhi
-1.00E+00 1.49E+02 ylo yhi
-1.00E+00 2.02E+02 zlo zhi
Masses

1 15.9994 # o*
2 1.00797 # h*
3 63.546 # Cu
4 63.546 # Cu
5 63.546 # Cu
6 63.546 # Cu
7 63.546 # Cu
8 63.546 # Cu
9 12 # C

Bond Coeffs # harmonic

1 540.6336 0.96 # o*-h*

Angle Coeffs # harmonic

1 50 104.5 # h*-o*-h*

Atoms # full # # # # # # #

37201 1 1 -0.82 8.018998451 2.540890217 0.955299609 0 0 0 # o*
37202 1 2 0.41 8.609850421 3.119996727 0.452578854 0 0 0 # h*
37203 1 2 0.41 7.374236306 2.239286862 0.299946918 0 0 0 # h*
37204 1 1 -0.82 39.11899845 2.540890217 0.955299609 0 0 0 # o*
37205 1 2 0.41 39.70985042 3.119996727 0.452578854 0 0 0 # h*

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7樓2016-09-26 21:15:12

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引用回帖:

7樓: Originally posted by tina張 at 2016-09-26 21:15:12
那為什么我用你的命令怎么還說我非法定義
variable                   sphere string data.dat
variable                   waterbe string  water1.data
variable                   waterup string  w ...

我那個是為了找錯的簡化版啊，要針對你自己的輸入文件改的。你用我給的try1.dat和try2.dat讀取會報錯嗎？會的話說明你的LAMMPS是舊版的。

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tina張

8樓2016-09-26 21:40:03

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引用回帖:

8樓: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-26 21:40:03
我那個是為了找錯的簡化版啊，要針對你自己的輸入文件改的。你用我給的try1.dat和try2.dat讀取會報錯嗎？會的話說明你的LAMMPS是舊版的。...

哦，是這樣�。∮媚憬o我的太容易try1.data 和try2.data 讀的時候報錯了，說是data文件有問題，這說明我的lammps 是舊版的么？

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9樓2016-09-27 10:51:22

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引用回帖:

你好!我想問一下你的lammps的版本是多少?新版的lammps安裝包中l(wèi)ib中是否含有cuda軟件包？

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不忘初心

10樓2016-10-20 11:06:30

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