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gaohui8888金蟲 (正式寫手)
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[交流]
密碼子偏好性PR2（Parity Rule 2）繪圖
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PR2（Parity Rule 2）繪圖分析如何做？PR2（Parity Rule 2），有的人也叫奇偶偏好分析。 我選取一個病毒的46個不同毒株的編碼區(qū)序列，即有46個核苷酸序列。 現在要用這46個序列對這個病毒進行PR2（Parity Rule 2）繪圖。 根據文獻，需要計算A3，T3，C3，G3的含量（fraction），再算A/(A + T)]和G/(G + C)。而且文獻里面提到要用下列氨基酸的這些密碼子的A3，T3，C3，G3值更有說服力：four-codon amino acids：alanine, arginine4 (CGA,CGT, CGG, CGC), glycine, leucine4 (CTA, CTT, CTG, CTC), proline,serine4 (TCA, TCT, TCG, TCC), threonine, and valine. 存在的問題： 1、每個基因的A3，T3，C3，G3如何計算？是否有軟件可以計算？ 2、４個同義密碼子編碼的氨基酸，有8個（alanine, arginine4 (CGA,CGT, CGG, CGC), glycine, leucine4 (CTA, CTT, CTG, CTC), proline,serine4 (TCA, TCT, TCG, TCC), threonine, and valine），是否把這8個氨基酸的A3，T3，C3，G3值分別進行平均，得到一個基因的A3，T3，C3，G3？ 原始的參考文獻里面是這么介紹PR2（Parity Rule 2）： 標題：Near Homogeneity of PR2-Bias Fingerprints in the Human Genome and Their Implications in Phylogenetic Analyses PR2-bias Plot的介紹. Plotting AT-bias [A/(A + T)] as the ordinate and GC-bias [G/(G + C)] as the abscissa shows PR2-biases as a unique pattern (Sueoka 1995). The center of the plot, where both coordinates are 0.5, is the place where A=T and G=C (PR2). A vector from the center represents the extent and direction of biases from PR2. PR2 bias plots are particularly informative when PR2 biases at the third codon position of the four-codon amino acids of individual genes are plotted. In this case, “A3/(A3 + T3) | 4” and “G3/(G3 + C3) | 4” are plotted as theordinate and abscissa, respectively. Here “| 4” denotes the four-codon amino acids. The four-codon amino acids are alanine, arginine4 (CGA, CGT, CGG, CGC), glycine, leucine4 (CTA, CTT, CTG, CTC), proline, serine4 (TCA, TCT, TCG, TCC), threonine, and valine. |
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