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dance732新蟲 (初入文壇)
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[求助]
分子對接軟件結(jié)果：打分函數(shù)為負(fù)值，而RMSD數(shù)值過大，請問何種原因？十分感謝!
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請問各位大神： 1.用molegro virtual docker軟件進(jìn)行分子對接。結(jié)果：moldock score 為-98.4799；rerank score -54.7543;RMSD值為45.請問為什么rmsd這么大？而打分函數(shù)顯示負(fù)值，應(yīng)該是比較穩(wěn)定的復(fù)合物，請問為什么矛盾？如何處理這個(gè)問題呢？ 2.結(jié)合親和力如何理解呢？E-inter(tors,ligand atoms),定義為pose的內(nèi)部能量，E-(protein-ligand）,定義為pose和蛋白質(zhì)的相互作用能量 。一般數(shù)值應(yīng)該多少比較合理？ 3.對接軟件的pose氫鍵（ligand map）和ligplot計(jì)算（將對接的配體蛋白復(fù)合物導(dǎo)出pdb格式，進(jìn)行計(jì)算）出來的氫鍵不同，請問如何處理?如何理解？ 感激不盡！ |
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2樓2018-08-29 11:23:22
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