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[求助]
Lammps-2016版本在服務(wù)器（虛擬機(jī)）上如何編譯 已有1人參與
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| 以前我在一個(gè)工作站上采用網(wǎng)上 的 Install.sh的那個(gè)快捷安裝方式安裝成功了lammps -2014早期的版本，早期版本make文件夾中有有make.g++3等文件，現(xiàn)在購(gòu)置了一個(gè)新的服務(wù)器（安裝了虛擬機(jī)，小紅帽Linux平臺(tái)，96核），因?yàn)橐玫?016新版本的一些功能，需重新編譯。按照網(wǎng)上的幫助說(shuō)明（http://www.gaoyang168.com/html/201507/9161436.html），MPich, fftw3, 結(jié)果不能通過(guò)，不知道誰(shuí)有這方面的經(jīng)驗(yàn)，并告知，不甚感激！ |
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Y224365
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
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- 蟲(chóng)號(hào): 2474028
- 注冊(cè): 2013-05-21
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
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lammps編譯步驟：首先了解你Linux系統(tǒng)的內(nèi)核，選擇合適的并行版本；第二步安裝fftw和mpi；第三步編譯你需要的庫(kù)函數(shù)，最后編譯得到運(yùn)行軟件。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2016-10-28 11:09:17
3樓2016-10-28 16:46:43
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#MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/home/hp/bin/mpich3/include MPI_PATH = -L/home/hp/bin/mpich3/lib MPI_LIB = -lmpich -lmpl -lpthread #MPI_PATH = #MPI_LIB = # FFT library # see discussion in Section 2.2 (step 6) of manual # can be left blank to use provided KISS FFT library # INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings # PATH = path for FFT library # LIB = name of FFT library FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/home/hp/bin/fftw3/include FFT_PATH = -L/home/hp/bin/fftw3/lib FFT_LIB = -lfftw3f 結(jié)果無(wú)法正常編譯 lmp_mpi, lmp_serial可以 fft3d.o：在函數(shù)‘fft_3d’中： /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:151：對(duì)‘fftw_execute_dft’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:214：對(duì)‘fftw_execute_dft’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:277：對(duì)‘fftw_execute_dft’未定義的引用 fft3d.o：在函數(shù)‘fft_3d_create_plan’中： /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:855：對(duì)‘fftw_plan_many_dft’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:860：對(duì)‘fftw_plan_many_dft’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:865：對(duì)‘fftw_plan_many_dft’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:870：對(duì)‘fftw_plan_many_dft’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:875：對(duì)‘fftw_plan_many_dft’未定義的引用 fft3d.o:/home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:880: more undefined references to `fftw_plan_many_dft' follow fft3d.o：在函數(shù)‘fft_3d_destroy_plan’中： /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:987：對(duì)‘fftw_destroy_plan’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:988：對(duì)‘fftw_destroy_plan’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:989：對(duì)‘fftw_destroy_plan’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:990：對(duì)‘fftw_destroy_plan’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:991：對(duì)‘fftw_destroy_plan’未定義的引用 fft3d.o:/home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:992: more undefined references to `fftw_destroy_plan' follow fft3d.o：在函數(shù)‘fft_1d_only’中： /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1218：對(duì)‘fftw_execute_dft’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1223：對(duì)‘fftw_execute_dft’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1228：對(duì)‘fftw_execute_dft’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1218：對(duì)‘fftw_execute_dft’未定義的引用 /home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1223：對(duì)‘fftw_execute_dft’未定義的引用 fft3d.o:/home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1228: more undefined references to `fftw_execute_dft' follow collect2: error: ld returned 1 exit status make[1]: *** [../lmp_mpi] 錯(cuò)誤 1 make[1]: 離開(kāi)目錄“/home/hp/lammps/lammps-10Aug15/src/Obj_mpi” make: *** [mpi] 錯(cuò)誤 2 |
4樓2016-11-01 14:12:11
5樓2016-11-01 14:38:18
6樓2016-11-01 15:02:02
mengfan
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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你去這里看看，用這個(gè)應(yīng)該一次能搞定。命令是針對(duì)Linux Mint的，可以按續(xù)修改再編譯 https://gist.github.com/kparrish/5731874 Install a parallel version of lammps on ubuntu based systems. |
7樓2016-11-18 12:35:36
scienceLI
新蟲(chóng) (初入文壇)
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8樓2017-12-23 14:00:08
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