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jianjunjiang鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
一個關于gromacs二面角參數(shù)的問題 已有1人參與
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各位大俠： 本人現(xiàn)在利用gromacs做分子動力學，在立場文件中，本人有一些關于二面角的參數(shù)不太清楚，具體如下： 比如說： [ dihedrals ] ; propers ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 ; i j k l func phase kd pn 1 2 3 4 9 180.00 15.16700 2 ; 請問后面的phase，kd和pn這三個參數(shù)各代表什么勢函數(shù)當中的什么參數(shù)？翻了一下手冊，發(fā)現(xiàn)手冊上有一個二面角扭轉勢能的公式 V(φ)=k(1+cos(nφ-φs)) 那么上面的參數(shù)文件中 phase 是不是就是φs（180），pn就是n（2），而kd就是k（15.16700）。 請問這樣理解對嗎？？ |
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jianjunjiang: 金幣+15, ★★★★★最佳答案 2016-11-01 22:56:53
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看看這里 http://ambermd.org/antechamber/gaff.html#function GAFF力場里面二面角的公式應該是 sum(Vn/2 [1 + cos(n*theta -gamma )] ) Vn are force constants; n is multiplicity and gamma is phase angle for torsional angle parameters. 所以，你的參數(shù)差不多，但公式應該檢查一下。 |
4樓2016-11-01 22:20:51
zx04
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2樓2016-10-31 23:36:26
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3樓2016-11-01 13:45:48
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