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fcy110918鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
Gaussian計算π-π堆積弱相互作用的勢能曲線 已有3人參與
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各位小木蟲計算大神: 小蟲本來學(xué)生物的，由于實驗需要，接觸Guassian和DFT不久，很多地方一片迷茫啊。目前想考慮利用Guassian計算分子間的π-π堆積結(jié)構(gòu)的勢能曲線，比如說兩個蒽分子堆積在一起時勢能與距離的曲線，所想要的結(jié)果如附件所示，  本人的分子已經(jīng)opt，也獲得了freq，但是不會設(shè)置scan中的坐標(biāo)（不知道是不是這個功能可以得到像下面一樣的數(shù)據(jù)），也不會如何控制兩個分子間的距離，最想得到的結(jié)果就是和下面的附件圖一樣（暫時只會用Gaussian）  誠心希望得到大神們的指點  w75h2013403_1473375893_866.jpg Screen Shot 2016-11-02 at 20.04.29.png Screen Shot 2016-11-02 at 20.04.43.png |
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小范范1989
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說一下我的理解，不一定對哈，因為之前我了解過一點點， 1：首先，你要找到兩個分子，平行排列。（當(dāng)然也不一定非要平行，向你后面的分子，垂直）。 這個怎么弄呢？拿兩個平行的來舉例子： 通過高斯view畫一個苯環(huán)，然后把他的坐標(biāo)復(fù)制一下，再放到文件的后面,這樣是不是就是兩個重合的苯環(huán)了？然后，你在把剛剛復(fù)制的那個苯環(huán)的Z坐標(biāo)，都加上1或者2或者3或者4....這不就是兩者之間的距離的調(diào)節(jié)了嗎？ 如果是垂直，我感覺是不是先通過高斯view畫出來，然后調(diào)節(jié)一個分子的Z坐標(biāo)，同時加多少，這樣就能調(diào)節(jié)距離了吧？ 應(yīng)該找個過程不需要優(yōu)化吧，這個我不確定，我感覺是直接做單點計算，當(dāng)然，我的理解不一定對。 2：有了坐標(biāo)之后，就要計算能量， 把不同距離的分子，保存不同的文件，比如說0.5.gjf 1.gjf 1.5.gjf......然后做單點計算（我感覺單點，不需要優(yōu)化，不一定對）。 3：這個地方計算的泛函比較重要，因為必須要有D3校正，如果是b3lyp之類的，結(jié)果會是一條一直下降的線，不會有凹的表現(xiàn)。 選泛函，這個在你那個書的169頁，第21也ppt、 4：個人見解，不一定對，還望指點 |
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fcy110918
2樓2016-11-03 08:38:41
ra2ghgzh
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1.你會找蒽分子的結(jié)構(gòu)吧？就在Builder里面，選好后在模型窗口里點一下，別的什么都別做，直接保存 2.把你保存的gjf文件用系統(tǒng)自帶的寫字板打開，找到分子坐標(biāo)定義那段，這時可以看見所有原子坐標(biāo)的z值（就是最后一列）都接近于零，手動把它們都改成0.0（一定要有小數(shù)點）。然后把36個原子坐標(biāo)復(fù)制并粘貼一下。接著把新生成的36個原子坐標(biāo)的z值都改成一個你自己定義的變量，名字隨便選可以帶數(shù)字，例如ACC1 3.最后加上兩行 Variables: 變量 初始值 S 增加次數(shù) 每次增加多少 例如R 2.0 S 30 0.1的意思就是兩個苯初始時間距2A，每次增加0.1A，一共增加30次。實際效果就是從2A掃描到5A，掃描精度是0.1A。 4.關(guān)鍵詞一定要有opt=z-matrix |
6樓2016-11-03 19:55:16
ra2ghgzh
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沒弄過這種情況的， 笨辦法是把復(fù)制出的那個分子的每一個原子的z都設(shè)成變量，變量的初始值等于原來那個分子對應(yīng)的原子的z值再加上一個初始的間隔。如果會編程的話這么做應(yīng)該不難。 還可以通過混合坐標(biāo)方法來弄：先把原來的分子A的前四個原子使用笛卡爾坐標(biāo)定義，剩下的原子用相對于前四個原子的內(nèi)坐標(biāo)定義。復(fù)制A得到B，把B的前四個原子用笛卡爾坐標(biāo)定義，定義時與A的前四個原子錯位一個變量。B剩下的幾個原子再用相對B的前四個原子的內(nèi)坐標(biāo)定義。 就想到這些了。不行的話可以再試試虛原子什么的。 |
8樓2016-11-04 10:30:20
likun_2008
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謝謝，你說的前面那個方法我上午嘗試了，水分子的，兩個變量，10 0.01，出來121個結(jié)果，不是想要的效果，也多了很多不必要的計算，跟同時掃描兩個勢能面的結(jié)果類似。我最早用的方法是先通過二面角或者角度等關(guān)系將兩個分子弄平行，再修改內(nèi)坐標(biāo)，將復(fù)制的分子參考第一個分子，通過一個鍵長來掃描就好了。不過每次需要修改很多內(nèi)坐標(biāo)。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
10樓2016-11-04 21:20:32
ra2ghgzh
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下面是兩個平行苯環(huán)的PES計算 %mem=600MW %nprocshared=16 # opt=z-matrix b3lyp/cc-pvdz Title Card Required 0 1 C 0.00000000 1.39499067 0.00000000 C -1.20809735 0.69749533 0.00000000 C -1.20809735 -0.69749533 0.00000000 C 0.00000000 -1.39499067 0.00000000 C 1.20809735 -0.69749533 0.00000000 C 1.20809735 0.69749533 0.00000000 H 0.00000000 2.49460097 0.00000000 H -2.16038781 1.24730049 0.00000000 H -2.16038781 -1.24730049 0.00000000 H 0.00000000 -2.49460097 0.00000000 H 2.16038781 -1.24730049 0.00000000 H 2.16038781 1.24730049 0.00000000 C 0.00000000 1.39499067 R C -1.20809735 0.69749533 R C -1.20809735 -0.69749533 R C 0.00000000 -1.39499067 R C 1.20809735 -0.69749533 R C 1.20809735 0.69749533 R H 0.00000000 2.49460097 R H -2.16038781 1.24730049 R H -2.16038781 -1.24730049 R H 0.00000000 -2.49460097 R H 2.16038781 -1.24730049 R H 2.16038781 1.24730049 R Variables: R 2.0 S 30 0.1 得到的結(jié)果是 計算結(jié)果不吻合的原因可能是計算方法和基組沒選擇好 |
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