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周先森回家了金蟲 (著名寫手)
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[求助]
CINEB跑了500步不收斂
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CINEB計(jì)算過渡態(tài)，我先介紹一下我的體系：初態(tài)是2-戊烯分子吸附在beta分子篩上，如圖IS所示，雙鍵的兩個(gè)碳原子為標(biāo)為C2 C3，酸性位上的H標(biāo)為1，O標(biāo)為4，另外一個(gè)O標(biāo)為5，整個(gè)的反應(yīng)過程是H1吸附在C3原子上，C2 C3之間的雙鍵斷開，C2原子與O5成鍵，末態(tài)如圖FS所示。我的過渡態(tài)插入了5個(gè)點(diǎn)，初末態(tài)距離是6.9多，跑了500步目前還沒有收斂，slurm文件最后的步數(shù)如第一個(gè)圖所示，感覺是出問題了，01-05是我插入的構(gòu)型的結(jié)構(gòu)，現(xiàn)在我懷疑是不是插入的構(gòu)型不正確，就拿04構(gòu)型來說，C2是不飽和的，是不是需要在MS里面把C2 C3之間的鍵設(shè)置成partial double bond呢？（嘗試著設(shè)置了一下，設(shè)不成呢怎么）圖中的是單鍵，還是說就這樣就可以，真心希望能得到做相似體系或者懂得的大神給指點(diǎn)一下，不勝感激！ slurm.png IS.png FS.png 01.png 02.png 03.png 04.png 05.png |
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【答案】應(yīng)助回帖
蛋蛋小童鞋: 應(yīng)助指數(shù)+1 2016-12-13 08:35:37
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末態(tài)結(jié)構(gòu)有問題 H1的位置應(yīng)該在下面 (從B酸上去的) 此外初末距離6.9有點(diǎn)偏大 最好控制在4以內(nèi)比較好 可以先進(jìn)行低精度優(yōu)化 便于收斂 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
16樓2016-12-10 23:50:38
jackjiejl
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9樓2016-12-09 09:16:49
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