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[求助] HSE天河2號(hào)運(yùn)算出錯(cuò)，卡在了entering main looping 已有3人參與

在天河2號(hào)計(jì)算HSE出現(xiàn)錯(cuò)誤，版本為5.3.2，用96核計(jì)算32個(gè)原子，錯(cuò)誤如下
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       ort
yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
yhrun: got SIGCONT
slurmd[cn10454]: *** STEP 3817928.0 CANCELLED AT 2016-12-10T15:14:10 ***
slurmd[cn10454]: *** JOB 3817928 CANCELLED AT 2016-12-10T15:14:10 ***
yhrun: forcing job termination
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp             0000000000B72CE9  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000B715BE  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000B18C22  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000AC65C3  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000ACC269  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread.so.0 000000392220F710  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000007A7AAE  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000007A0051  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000008B1ACC  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000008C3F38  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000440BD3  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp             0000000000B72CE9  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000B715BE  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000B18C22  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000AC65C3  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000ACC269  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread.so.0 000000392220F710  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000007A7AAE  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000007A0051  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000008B1ACC  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000008C3F38  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000440BD3  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000041A2A6  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       0000003921A1ED1D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000041A199  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp             0000000000B72CE9  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000B715BE  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000B18C22  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000AC65C3  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000ACC269  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread.so.0 000000392220F710  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000007A7AAE  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000007A0051  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000008B1ACC  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000008C3F38  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000440BD3  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
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vasp             0000000000B715BE  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000B18C22  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000AC65C3  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000ACC269  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread.so.0 000000392220F710  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000551745  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000007A0179  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000008B1ACC  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000008C3F38  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000440BD3  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000041A2A6  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       0000003921A1ED1D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000041A199  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000041A2A6  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       0000003921A1ED1D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000041A199  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000041A2A6  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       0000003921A1ED1D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000041A199  Unknown             Unknown  Unknown
yhrun: error: cn10455: task 1: Exited with exit code 1

INCAR如下

SYSTEM = Si-Diamond
ISTART = 1
ICHARG = 2
EDIFF = 0.00001
EDIFFG = -0.001
ENCUT = 550
ENAUG = 800
LREAL = .TRUE.
LWAVE = .TRUE.
LCHARG = .TRUE.
NELM = 200
NSW = 0
IBRION = -1
LMAXMIX = 4
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
NSIM = 4
IALGO = 48
ISYM = 0
LHFCALC = .TRUE.
HFSCREEN = 0.2
ALGO = Damped
TIME = 0.4
ENCUTFOCK = L
AEXX = 0.25
ISIF = 2
LORBIT = 11

另外誰(shuí)有模擬硅能帶的好方法嗎，麻煩給我推薦下

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1樓 2016-12-10 16:56:20

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11樓: Originally posted by weiyidan at 2016-12-10 21:49:55
哇，版主是超算中心的？我現(xiàn)在應(yīng)該怎么做呢？用胖節(jié)點(diǎn)嗎？我現(xiàn)在還在試用期間，應(yīng)該怎么做呢？第一次用超算
1. 增加節(jié)點(diǎn)，我現(xiàn)在用的4節(jié)點(diǎn)96核
2. 要求管理員開(kāi)放內(nèi)存權(quán)限
是這兩種解決方案嗎？...

我不是超算的，但是我在用超算。
1. 增加節(jié)點(diǎn)，我現(xiàn)在用的4節(jié)點(diǎn)96核
2. 要求管理員開(kāi)放內(nèi)存權(quán)限
兩種都可以，你也可以減小精度進(jìn)行計(jì)算。

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12樓2016-12-10 21:53:11

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引用回帖:

14樓: Originally posted by obaica at 2016-12-10 22:02:57
開(kāi)什么玩笑… 一個(gè)HSE06讓管理員開(kāi)放管理員內(nèi)存權(quán)限。

明明是參數(shù)和節(jié)點(diǎn)cpu設(shè)置不合理...

我有說(shuō)讓他減少精度算，另外參數(shù)和節(jié)點(diǎn)我也有提示，讓他自己選擇就可以了。再說(shuō)讓管理開(kāi)個(gè)權(quán)限也不是啥大問(wèn)題，我們組的服務(wù)器我就包可以的，怎么說(shuō)也是上百核的小超算

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15樓2016-12-10 22:15:59

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引用回帖:

16樓: Originally posted by obaica at 2016-12-10 22:21:29
棒！據(jù)我所知天河二號(hào)比較難申請(qǐng)大內(nèi)存的權(quán)限，除非有非用不可的理由。因?yàn)樗€有很多不完善的地方。15年才投入使用。它的機(jī)時(shí)還只能用節(jié)點(diǎn)數(shù)目來(lái)計(jì)時(shí)，而不能用cpu核數(shù)來(lái)計(jì)時(shí)。...

那就不知道了，我們組自己有小超算，學(xué)院里有大超算，管理員基本你都見(jiàn)過(guò)，還是比較好說(shuō)話的。天河不太清楚，從來(lái)沒(méi)用過(guò)。

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17樓2016-12-10 22:24:31

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我用天津超算也經(jīng)常出現(xiàn)問(wèn)題，有時(shí)候莫名其妙都停了。

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18樓2016-12-10 22:48:31

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本人已經(jīng)計(jì)算過(guò)2個(gè)原子的原胞，并沒(méi)有提示錯(cuò)誤

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2樓2016-12-10 16:57:35

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3樓2016-12-10 17:20:54

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應(yīng)該內(nèi)存不夠用了吧

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4樓2016-12-10 17:24:42

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
weiyidan(漫天飄雪代發(fā)): 金幣+2, 謝謝交流 2016-12-10 20:34:50

內(nèi)存不夠
天河一個(gè)節(jié)點(diǎn)才64G內(nèi)存
你要加節(jié)點(diǎn)內(nèi)存

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5樓2016-12-10 17:58:59

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obaica

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
漫天飄雪: 屏蔽內(nèi)容, 違規(guī)存檔, 不要打廣告了 2016-12-10 20:35:34

本帖內(nèi)容被屏蔽

6樓2016-12-10 18:16:16

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引用回帖:

4樓: Originally posted by 漫天飄雪 at 2016-12-10 17:24:42
應(yīng)該內(nèi)存不夠用了吧

超算也能內(nèi)存不夠嗎

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7樓2016-12-10 21:11:52

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引用回帖:

5樓: Originally posted by y1ding at 2016-12-10 17:58:59
內(nèi)存不夠
天河一個(gè)節(jié)點(diǎn)才64G內(nèi)存
你要加節(jié)點(diǎn)內(nèi)存

那我應(yīng)該加到多少？4*64=256G, 我算32個(gè)原子也出現(xiàn)這個(gè)錯(cuò)誤u

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回復(fù)此樓

8樓2016-12-10 21:12:58

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漫天飄雪

版主 (知名作家)

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7樓: Originally posted by weiyidan at 2016-12-10 21:11:52
超算也能內(nèi)存不夠嗎

...

當(dāng)然了。我們這邊有的節(jié)點(diǎn)專門裝了大內(nèi)存，取名胖節(jié)點(diǎn)，不知道你用的有沒(méi)。另外，跨的節(jié)點(diǎn)越多算的越慢，核不不是越多越好，多核并行也是要時(shí)間的。

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回復(fù)此樓

http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89

9樓2016-12-10 21:15:09

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小蝸牛要努力

666

發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端

10樓2016-12-10 21:24:55

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