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[求助] Pymol在選擇Ca時(shí) defined with 0 atoms.”怎么辦呢？已有1人參與

Pymol在選擇Ca時(shí)“select carbon, name ca”總顯示“Selector: selection "carbon" defined with 0 atoms.”怎么辦呢？

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【答案】應(yīng)助回帖

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確定sequence中的name為ca？或者不用輸代碼，直接在sequence中選擇，其為單獨(dú)的一個(gè)sele，然后把該sele重命名為ca，在該sele中進(jìn)行鼠標(biāo)操作就可以了

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2樓2016-12-22 09:08:58

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2樓: Originally posted by puluo-880312 at 2016-12-22 09:08:58
確定sequence中的name為ca？或者不用輸代碼，直接在sequence中選擇，其為單獨(dú)的一個(gè)sele，然后把該sele重命名為ca，在該sele中進(jìn)行鼠標(biāo)操作就可以了

一個(gè)蛋白，四百多氨基酸，難不成都一個(gè)一個(gè)點(diǎn)�。坑譀](méi)有快選的呢

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3樓2016-12-22 23:22:36

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3樓: Originally posted by 鴻鵠00000 at 2016-12-22 23:22:36
一個(gè)蛋白，四百多氨基酸，難不成都一個(gè)一個(gè)點(diǎn)�。坑譀](méi)有快選的呢
...

這個(gè)Ca是α碳，不是鈣

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4樓2016-12-22 23:24:38

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4樓: Originally posted by 鴻鵠00000 at 2016-12-22 23:24:38
這個(gè)Ca是α碳，不是鈣
...

用word打開(kāi)pdb，看看pdb中的名字是什么！
ATOM    96  CA  CYS A  15    21.565 7.335  47.731  1.00 21.92          C
ATOM    97  C CYS A  15    21.715 6.431  46.504  1.00 21.98          C
ATOM    98  O CYS A  15    21.085 5.381  46.561  1.00 22.66          O
ATOM    99  CB  CYS A  15    20.398 8.302  47.468  1.00 21.17          C
ATOM 100  SG  CYS A  15    20.846 9.585  46.269  1.00 21.78          S
ATOM 101  N ALA A  16    22.540 6.753  45.495  1.00 22.13          N
ATOM 102  CA  ALA A  16    22.738 5.972  44.294  1.00 21.96          C
ATOM 103  C ALA A  16    21.520 5.216  43.808  1.00 22.74          C
ATOM 104  O ALA A  16    21.412 3.982  43.830  1.00 22.78          O
比如上面的確實(shí)是CA，則可以select carbon, name ca或者select atom, name ca，這樣都可以選擇你需要的α-C，要以pdb中的為準(zhǔn)

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5樓2016-12-23 12:14:05

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5樓: Originally posted by puluo-880312 at 2016-12-23 12:14:05
用word打開(kāi)pdb，看看pdb中的名字是什么！
ATOM 96 CA CYS A 15 21.565 7.335 47.731 1.00 21.92 C
ATOM 97 C CYS A 15 21.715 6.431 46.504 1.00 21.98 ...

謝謝！

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6樓2016-12-25 09:11:21

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