 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 968 | 回復: 4 | ||
[求助]
如何回復Genbank序列里含有讀碼框移位問題和含有終止密碼子問題
|
|
早前給Genbank上傳了序列，已經(jīng)給登錄號了，最近收到回信說校準過程中發(fā)現(xiàn)讀碼框移位問題，讓給出解釋。序列是自己pcr獲得的一段蛋白因子的，含有內(nèi)含子，測序回來后直接blast建樹。這種情況如何回復，序列需要怎么校準，還是編碼框起始位置需要修改?回信的校準結(jié)果怎么看？請各位大師幫助！以下是信得內(nèi)容，以及部分序列。 Upon doing an alignment of your sequences, there may be reading frame shifts in many of the sequences near the 5' and 3' ends. If the nucleotide sequences are incorrect, send us the corrected sequences, and we will replace the current sequences in your submission. If the sequences are correct, please let us know if you have any evidence that these frame shifted proteins are translated. alignment results: 1 50 KX094899 ...CCAATGTCA.TCGTATC.GGCC.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094919 ...CACAAGT.G.TCGTATC.GGCC.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094908 ....CAGAGTCA.TGGTATC.GGCCACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094918 ....CCAAAAAG.TCGTATC.GGTC.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094916 ...CCAG...CG.TCGTATC.GGCA.CGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094910 .....CATCGTG.TCGTATC.GGCCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094901 ...CCAATGTG..TCGT.ATCGGC.ACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094905 ...CCAATGTTGATCGTCATCGGCCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094909 ..ACCCTTTTGGTTCGTCATCGGCCACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094915 ....ACTTGTGG.TCGTCATCGGCCACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094902 ..CAAATTGCCA.ACGCCTCGGGCC.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094920 ...CCAATGACG.TCGTATCGG.CC.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094926 ..ACCCTTATCA.TTGTCTCGG.CC.CGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094921 ...CACCTATCA.T.GTATCGG.CA.CGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094904 ..TACAAACTCG.TCGTATCGGGCCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094907 ....CCCTGACG.ATGTCTCGGCC..CGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094923 ....CCCCAGCG.TCGTATCGGCC...GTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094903 ..CATTGAACCAATGGTCATCGGCCACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094917 ..CCT...CACGTCGTGTATCGGC.ACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094924 ........TCTCACTCGTCTCGGC.ACGTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094900 .....CCATTCAT.CGT.ATCGGCCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094911 ...CCACTTTCGTTCGTCATCGGCCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094913 ...CCACTTTCGT.CGT.ATCGGC.ACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094906 .....CCCGTCGATCGT.CATCGGCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094912 AAAAATTTGTCGTTTAT.CGGGCCACGATCGACTCTGGCAAGTCGACCAC KX094914 ...GGATCATCGGTTGT.CGCTATCAAGTCGACTCTGGCAGTCAGACCAC KX094925 ...CCACCTTCG.TCGT.CTCGGCC..GTCGACTCTGGCA.GTCGACCAC KX094922 ....CCATGTCCATCGTCATCGGCC.CGTCGAC 251 300 KX094899 CCTTT.GCCCATCGATTTCCCCTACGA.CTCG.................. KX094919 CCTTT.GCCCATCGATTTCCCCTACGA.CTCG.................. KX094908 CCTTT.GCCCATCGACTTCCCCTACGA.CTCG.................. KX094918 CCTTT.GCCCATCGACTTCCCCTACGA.CTCG.................. KX094916 CCTTT.GCCCATCGATTTCCCCTACGA.CTCG.................. KX094910 CCTTTTGCCCATCGATTTTCCCTTCGA.CTCGCCGCTCCCATACAACTCG KX094901 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094905 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094909 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094915 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094902 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094920 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094926 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094921 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094904 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094907 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094923 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094903 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094917 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094924 GCT....CCCATCGATT...CCCACGA.TTCGCTCCCTC......ACTCG KX094900 GCTATCCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094911 GCTATCCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094913 GCTATCCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094906 GCTATTCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094912 GCTATTCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094914 GCTATTCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094925 GCTATTCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCTCC...GCGACACG KX094922 GATATTCCACATCGAATTCCCCGTCGAATTCCCTCCATC...GCGATACG |
回復此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復
-
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有51人回復
-
蛋白質(zhì)檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京
已經(jīng)有0人回復
2樓2017-01-13 09:18:23
凱倫愛佳佳
金蟲 (正式寫手)
- 應助: 8 (幼兒園)
- 金幣: 1571.1
- 散金: 97
- 紅花: 1
- 帖子: 321
- 在線: 75.5小時
- 蟲號: 3487227
- 注冊: 2014-10-20
- 性別: GG
- 專業(yè): 水產(chǎn)生物免疫學與病害控制
3樓2017-01-17 19:23:32
4樓2018-04-08 22:03:23
5樓2018-04-08 22:03:34
相關版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 zixiao_226 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +12 | 冬十三 2026-03-15 | 13/650 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 勇敢的小吳 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 313求調(diào)劑 +4 | 肆叁貳壹22 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +9 | 申子申申 2026-03-19 | 15/750 |
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | .m.. 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 能源材料化學課題組招收碩士研究生8-10名 +5 | 脫穎而出 2026-03-16 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料305分求調(diào)劑 +6 | 想上岸的鯉魚 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +5 | 冬十三 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +10 | S.H1 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 323求調(diào)劑 +3 | 洼小桶 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中農(nóng)業(yè)071010，總分320求調(diào)劑 +3 | 困困困困坤坤 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿西安交通大學 學碩 354求調(diào)劑211或者雙一流 +3 | 我想要讀研究生 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑（0805） +14 | 煙汐憶海 2026-03-16 | 25/1250 |
|
|
|
[考研] 材料學碩318求調(diào)劑 +5 | February_Feb 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 081700化工學碩調(diào)劑 +3 | 【1】 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學071005 +5 | ioodiiij 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑 +7 | 為學666 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項核心論文五項專利，省、國級證書40+數(shù)一英一287 +8 | 小李0854 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0703化學336分求調(diào)劑 +6 | zbzihdhd 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽花天天開心 2026-03-16 | 4/200 |
|