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idealfluid木蟲 (著名寫手)
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[交流]
怎樣預測一個基因的啟動子區(qū)有沒有另一個基因的response elements？
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如題，怎樣通過NCBI或者其他的網(wǎng)站或者軟件什么的判斷一個基因的啟動子區(qū)有沒有另一個基因的response elements？ 然后再通過luciferase進行驗證？求助。。。望各位不吝解答，萬分感謝！ |
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2樓2017-02-02 23:37:14
seascen2016
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3樓2017-02-03 01:13:46
idealfluid
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4樓2017-02-05 11:10:18
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idealfluid: 金幣+5, 謝謝~但是plantcare是不是只能分析植物？我要做的是人和小鼠的。。。而且其實特別需要一個案例能夠指導一下，還有后續(xù)的分析等等 2017-02-05 21:00:46
idealfluid: 金幣+5, 謝謝~但是plantcare是不是只能分析植物？我要做的是人和小鼠的。。。而且其實特別需要一個案例能夠指導一下，還有后續(xù)的分析等等 2017-02-05 21:00:46
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plantcare place 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2017-02-05 11:26:00
idealfluid
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西門吹雪170: 金幣+3, 感謝分享 2017-02-05 21:48:36
西門吹雪170: 金幣+3, 感謝分享 2017-02-05 21:48:36
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http://bip.weizmann.ac.il/toolbo ... ters.html#databases http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html http://sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#pmatch http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/ http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/ 我在網(wǎng)上找到的，底下還有個案例~~~ 有一天接到遙遠老板的來電，急需查出某條基因的啟動子序列，說他第二天早上就要，雖然搜到不少講怎么找啟動子的，但總是只言片語，我比較笨搞清別人的含義需要很長時間，于是把我折騰了一個白天，下面就記錄下自己查找啟動子的整個過程希望對后來的兄弟有點幫助： 首先就是想直接查找有沒有人做過這條基因的啟動子，在pubmed中輸入genename+promoter，返回15條記錄，大概瀏覽了下摘要，很失望沒有常用啟動子分析網(wǎng)址（附實例） - 喜歡吃桃子 - wangyufeng的博客 ; 接著就想看看有沒有數(shù)據(jù)庫可以直接給出啟動子序列的，很幸運竟然發(fā)現(xiàn)一個極好的啟動子搜索講義網(wǎng)站，如下，http://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html 其中給出了查找啟動子的一般步驟，并且列出了所要用到的工具，興奮！ 第一步就是要找到基因確定基因所在基因組區(qū)域，其中列出很多網(wǎng)站，不過偶還是習慣genbank，在gene欄中search某個基因，不要搞錯基因種屬！進入后即可看到該基因的詳細條目，別眼花，就點擊右側link欄的Map viewer鏈接，進入即可看到該基因在染色體上的形象定位，鼠標懸停在基因的起始位點時，即可在瀏覽器下方的狀態(tài)欄中顯示該位點在染色體上的明確定位，比如110997788，結合給出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概確定該啟動子在基因組中的大概定位，即 110778899-110997788； 第二步搞清楚基因組狀態(tài)，我沒搞太清楚，不過其中給的一個鏈接來查出啟動子所在克�。ú槌隹寺√柨梢再徺I）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/ 該鏈接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一個clonelist； 第三步搜索啟動子，其中可以用啟動子數(shù)據(jù)庫和啟動子預測軟件，當然如果啟動子數(shù)據(jù)庫中有最好，但很失望給出的數(shù)據(jù)庫均不能查到！只好用啟動子預測軟件，使用了幾個在線預測工具后覺得下面這個速度賊快，推薦http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 我把該基因的dna序列submit之后返回了很多個PolII識別位點，到底哪個是呢？我個人理解啟動子應該是翻譯起始位點附近，所以在這個dna序列中定位翻譯起始位點即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢？利用blast2這個利器，只要把dna和mrna序列粘貼進去提交就ok，正好在翻譯起始位點上游幾百bp有個識別位點，ok！啟動子序列就是翻譯起始位點上游大概1kb長度的序列了！ 當然，查找過程還有很多地方值得探討，so請大家指正！ 本文轉自：http://hi.baidu.com/robertoyuan/ ... bdb6128a82a1b1.html |
6樓2017-02-05 20:58:53
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7樓2017-08-21 08:20:58
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