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zhangfrank金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
【求助】關(guān)于單層MOS2吸附非金屬元素體系的范德瓦爾斯計(jì)算 已有2人參與
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如題， 1. 關(guān)于單層MOS2吸附非金屬元素體系（比如O）的體系，一定要加范德瓦爾斯計(jì)算么 2. 如果一定要加，manul中很多種類(lèi)，如下，對(duì)我的體系，要選哪個(gè)情況呢？ 我的版本是vasp.5.4.1.24Jun15 IVDW=0 no correction IVDW=1 ## DFT-D2 method of Grimme (available as of VASP.5.2.11) IVDW=11 ## zero damping DFT-D3 method of Grimme (available as of VASP.5.3.4) IVDW=12 ## DFT-D3 method with Becke-Jonson damping (available as of VASP.5.3.4) IVDW=2 ## Tkatchenko-Scheffler method (available as of VASP.5.3.3) IVDW=21 ## Tkatchenko-Scheffler method with iterative Hirshfeld partitioning (available as of VASP.5.3.5) IVDW=202 ##Many-body dispersion energy method (MBD@rSC) (available as of VASP.5.4.1) IVDW=4 ## dDsC dispersion correction method (available as of VASP.5.4.1) All methods listed above add vdW correction to potential energy, interatomic forces, as well as stress tensor and hence simulations such as atomic and lattice relaxations, molecular dynamics, and vibrational analysis (via finite differences) can be performed. Note, however, that these correction schemes are currently not available for calculations based on density functional perturbation theory. 3. DFT-vdW 跟DFT-D2就是一回事么？ 上面列出了的DFT-D2 DFT-D3 DFT-TS 等有什么區(qū)別 （看manul已經(jīng)看暈了） 4. 選定好某種vdw泛函后，POTCAR文件是否可以依舊使用之前用的PBE version POTCAR？ 5. vdW-DF，optPBE-vdW，optB88-vdW ，optB86b-vdW，vdW-DF2 ， 是一種什么樣的泛函？分別用于什么體系的范德瓦斯修正呢？ 6. 以DFT-D2為例，manual里面給的這些參數(shù)都要進(jìn)行設(shè)置出來(lái)么？哪些是必須要有哪些是可以缺省的呢？ VDW_RADIUS = 50.0 VDW_S6 = 0.75 VDW_SR = 1.00 VDW_SCALING =0.75 VDW_D = 20.0 VDW_C6 = [real array] VDW_R0 = [real array] LVDW_EWALD = .FALSE.$ \vert$.TRUE. 特別的，VDW_RADIUS = 50.0 這個(gè)參數(shù)到底要怎么設(shè)置呢？我看帖子里有人甚至都有用10 20 30 真心來(lái)交流，歡迎大家來(lái)指點(diǎn)，金幣不夠可以追加。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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zhangfrank(蛋蛋小童鞋代發(fā)): 金幣+5, 謝謝參與，小木蟲(chóng)鼓勵(lì)積極回答問(wèn)題者 2017-03-02 10:39:33
zhangfrank: 金幣+10, ★★★很有幫助 2017-03-02 14:44:27
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhangfrank(蛋蛋小童鞋代發(fā)): 金幣+5, 謝謝參與，小木蟲(chóng)鼓勵(lì)積極回答問(wèn)題者 2017-03-02 10:39:33
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如題， 1. 關(guān)于單層MOS2吸附非金屬元素體系（比如O）的體系，一定要加范德瓦爾斯計(jì)算么 給你篇文獻(xiàn)自己看： Magnetic properties of nonmetal atoms absorbed MoS[sub 2] monolayers 2. 如果一定要加，manul中很多種類(lèi)，如下，對(duì)我的體系，要選哪個(gè)情況呢？ 我的版本是vasp.5.4.1.24Jun15 IVDW=0 no correction IVDW=1 ## DFT-D2 method of Grimme (available as of VASP.5.2.11) IVDW=11 ## zero damping DFT-D3 method of Grimme (available as of VASP.5.3.4) IVDW=12 ## DFT-D3 method with Becke-Jonson damping (available as of VASP.5.3.4) IVDW=2 ## Tkatchenko-Scheffler method (available as of VASP.5.3.3) IVDW=21 ## Tkatchenko-Scheffler method with iterative Hirshfeld partitioning (available as of VASP.5.3.5) IVDW=202 ##Many-body dispersion energy method (MBD@rSC) (available as of VASP.5.4.1) IVDW=4 ## dDsC dispersion correction method (available as of VASP.5.4.1) All methods listed above add vdW correction to potential energy, interatomic forces, as well as stress tensor and hence simulations such as atomic and lattice relaxations, molecular dynamics, and vibrational analysis (via finite differences) can be performed. Note, however, that these correction schemes are currently not available for calculations based on density functional perturbation theory. 這個(gè)要看你自己愛(ài)好了，我一般都是D3, opt86 88 3. DFT-vdW 跟DFT-D2就是一回事么？ 上面列出了的DFT-D2 DFT-D3 DFT-TS 等有什么區(qū)別 （看manul已經(jīng)看暈了） TS不太建議，就D3吧 4. 選定好某種vdw泛函后，POTCAR文件是否可以依舊使用之前用的PBE version POTCAR？ Grimme方法，opt86 88都是一樣的，其余的我不確定 5. vdW-DF，optPBE-vdW，optB88-vdW ，optB86b-vdW，vdW-DF2 ， 是一種什么樣的泛函？分別用于什么體系的范德瓦斯修正呢？ 還是給你幾篇文章吧 DOI: 10.1002/jcc.20495 10.1002/jcc.20570 10.1021/jp106469x 10.1088/0953-8984/23/39/395001 10.1021/ct200625h 6. 以DFT-D2為例，manual里面給的這些參數(shù)都要進(jìn)行設(shè)置出來(lái)么？哪些是必須要有哪些是可以缺省的呢？ VDW_RADIUS = 50.0 VDW_S6 = 0.75 VDW_SR = 1.00 VDW_SCALING =0.75 VDW_D = 20.0 VDW_C6 = [real array] VDW_R0 = [real array] LVDW_EWALD = .FALSE.$ \vert$.TRUE. 特別的，VDW_RADIUS = 50.0 這個(gè)參數(shù)到底要怎么設(shè)置呢？我看帖子里有人甚至都有用10 20 30 默認(rèn)就行，除非特殊情況 真心來(lái)交流，歡迎大家來(lái)指點(diǎn)，金幣不夠可以追加。 金幣自己留著吧 |
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3樓2017-03-02 09:52:29
valenhou001
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【答案】應(yīng)助回帖
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zhangfrank(蛋蛋小童鞋代發(fā)): 金幣+5, 謝謝參與，小木蟲(chóng)鼓勵(lì)積極回答問(wèn)題者 2017-03-02 08:41:10
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhangfrank(蛋蛋小童鞋代發(fā)): 金幣+5, 謝謝參與，小木蟲(chóng)鼓勵(lì)積極回答問(wèn)題者 2017-03-02 08:41:10
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2樓2017-03-02 08:02:19
zhangfrank
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8樓2017-03-02 19:09:06
zhangfrank
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謝謝侯老師，找到了您的回貼。看完之后明白了一些，但是依然有一些疑問(wèn)。 為了方便其他同學(xué)查看，我把您的回復(fù)復(fù)制引用過(guò)來(lái)： “vdW-DF修正的設(shè)置與IVDW無(wú)關(guān)。 首先你要明白有兩大類(lèi)的范德華斯作用修正，1）基于半經(jīng)驗(yàn)的，包括了D2, D3, D3-BJ, TS, TS+SCS等等，這些都是在常用的交換關(guān)聯(lián)泛函比如PBE的基礎(chǔ)上，考慮色散力的作用，在PBE計(jì)算出來(lái)的總能基礎(chǔ)上增加了額外半經(jīng)驗(yàn)項(xiàng)，這一項(xiàng)需要設(shè)置一些參數(shù)，至于是哪種半經(jīng)驗(yàn)公式，由IVDW的設(shè)置來(lái)決定，具體的參考VASP的手冊(cè)。 https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... ection_methods.html 2）另一類(lèi)就是vdW-DF，也就是修改交換關(guān)聯(lián)項(xiàng)來(lái)考慮范德華修正。包括你所提到的optPBE-vdW, optB88-vdW, and optB86b-vdW等。 它們的設(shè)置由修改GGA賦值，以及額外相關(guān)的一些參數(shù)來(lái)設(shè)置。 這些在vasp手冊(cè)上有明確的說(shuō)明。 https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... undqvist_et_al.html” 我現(xiàn)在有的疑問(wèn)是： 1. 我們是否有結(jié)論，IVDW賦值的幾種范德瓦爾斯修正，與vdw-DF賦修改交換關(guān)聯(lián)項(xiàng)的修正，哪種更加復(fù)合實(shí)驗(yàn)值，或者兩種分別適用于什么體系呢？根據(jù)您的經(jīng)驗(yàn)，我算MoS2吸附O的體系，用哪種修正更合適呢？ 2. 無(wú)論選擇哪種修正，是否都可以用PBE的POTCAR？（也就是說(shuō)可以跟不加修正只用PBE計(jì)算的POTCAR一樣么？） 3. 我昨天提交了一個(gè)用DFT-D2的任務(wù)，INCAR中vdw部分參數(shù)如下： LVDW=.TRUE. VDW_RADIUS=30.0 VDW_SCALING=0.75 VDW_D=20.0 在OUTCAR中搜索VDW的部分顯示如下，并沒(méi)有找到您在上個(gè)帖子中貼的OUTCAR輸出信息（20 | You have switched on vdW-DFT. ），請(qǐng)問(wèn)這是因?yàn)橛貌煌拚赃@部分OUTCAR文件不同么？ 另外，能否麻煩侯老師幫我看下我用DFT-D2的輸出是否屬于正常： 5579 DFT-D2 method for vdW energy calculation 5580 ------------------------------------------------------------------- 5581 5582 Parameters of vdW forcefield: 5583 C6(Jnm^6/mol) R0(A) 5584 ----------------------------- 5585 Mo 24.670 1.639 5586 S 5.570 1.683 5587 O 0.700 1.342 5588 5589 IVDW = 1 5590 VDW_RADIUS = 30.000 A 5591 VDW_S6 = 0.750 5592 VDW_SR = 1.000 5593 VDW_D = 20.000 5594 LVDW_EWALD = F 5595 5596 Number of pair interactions contributing to vdW energy: 67514 5597 Edisp (eV): -14.99974 5598 FORVDW: cpu time 0.0800: real time 0.0940 |
4樓2017-03-02 10:06:51
zhangfrank
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5樓2017-03-02 10:18:54
valenhou001
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1，至于選擇哪種，沒(méi)辦法推薦。大部分都是🌧與所研究的體系有關(guān)�；蛘咦约阂运芯康捏w系中一個(gè)特定例子（即一個(gè)研究的問(wèn)題）測(cè)試不同修正的方法，然后選擇那個(gè)最好的，再計(jì)算其他的。 2. VASP只提供了LDA， PW91和PBE的勢(shì)，大部分的vdw修正采用PBE的勢(shì)就可以了。用其他的勢(shì)的話，需要自己優(yōu)化vdw里面的參數(shù)，除非你很了解vdw修正里的各個(gè) 參數(shù)的含義的話，可以自己嘗試優(yōu)化這些參數(shù)，否則的，不要隨便用除了PBE的勢(shì)。 3. 你的輸出是正常的。 vdW-DFT修正和半經(jīng)驗(yàn)的vdw修正是非常不同的處理方法，在OUTCAR里的輸出也是不同的。你找到不到vdW-DFT的輸出是很正常，因?yàn)槟阌玫氖?br /> PBE-D2修正。請(qǐng)仔細(xì)看一下vasp的手冊(cè)。 |
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6樓2017-03-02 18:30:23
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有很多文獻(xiàn)測(cè)試不同vdw修正對(duì)二維層狀體系預(yù)測(cè)性能，你可以找找相關(guān)文獻(xiàn)讀讀。 對(duì)自己體系，最好是事先測(cè)試一下不同修正方法，然后選擇一個(gè)適合自己所研究的體系。沒(méi)有一個(gè)vdw修正對(duì)所有的體系都非常合適的。 |
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7樓2017-03-02 18:36:04
zhangfrank
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