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NAMD，蛋白跑出水盒子 已有1人參與
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HELP！ 330個(gè)殘基的酶蛋白，用NAMD模擬在高溫下（45度）的構(gòu)象變化，但是蛋白始終跑出水盒子（solvate X.psf X.pdb -t 10 -o X_wb） 嘗試過(guò)：1）換力場(chǎng)，從27換到36；2）延長(zhǎng)模擬時(shí)間，從5ns到10ns；3）擴(kuò)大水盒子，差不多是向外延伸了30A；4）檢查過(guò)能量最小化的結(jié)果，應(yīng)該是沒(méi)有問(wèn)題的。 還可以從哪些方面進(jìn)行改善嗎？萬(wàn)分感謝！ ## Job Description # NAMD Configuration for Equilibration (NPT) of # A in a Water Box # 2017-03-21 Amanda ## Self-defined Variable set STRUCT X_wb_ionized set LAST_RUN X_wb_min set THIS_RUN X_wb_md1 set FTS 0 ;# firsttimestep set NMD 2500000 ;# 5ns set TST 2.0 ;# 2fs/timestep set TEP 318 ; # temperature set FREQ 1000 ;# 1000steps = every 2ps ## Input and Output Filename Prefix structure ../common/$STRUCT.psf coordinates $LAST_RUN.coor extendedSystem $LAST_RUN.xsc outputName $THIS_RUN binaryOutput no ## Force Field paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all36_prot.prm parameters ../common/par_all36_carb.prm parameters ../common/par_all36_cgenff.prm parameters ../common/par_all36_lipid.prm parameters ../common/par_all36_na.prm parameters ../common/toppar_water_ions_namd.str exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 ;# cutoff - 2.0 pairlistdist 14.0 ;# cutoff + 2.0 margin 2.0 ## PBC amd PME wrapAll on cellBasisVector1 70.74 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 73.03 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 81.51 cellOrigin 62.50 58.68 59.56 PME yes PMEGridSpacing 1.0 ## Ensemble: NPT temperature $TEP COMmotion no timestep $TST rigidBonds all firsttimestep $FTS fullElectFrequency 1 nonbondedFreq 1 stepsPerCycle 20 ## Constant Temperature Control tCouple on tCoupleTemp $TEP ## Constant Pressure Control langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $TEP useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no ## Output Frequency restartfreq $FREQ dcdfreq $FREQ xstFreq $FREQ outputEnergies $FREQ outputPressure $FREQ ## Execution reinitvels $TEP run $NMD 捕獲.PNG |
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2樓2017-05-08 11:54:58
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3樓2017-05-08 13:36:44
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4樓2018-03-21 09:27:54
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