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re-member金蟲 (小有名氣)
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[求助]
用NAMD進(jìn)行NEMD過程遇到問題，加力不均勻
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我用NAMD進(jìn)行NEMD模擬，用石墨烯片對水盒子施加壓力（z方向是加力方向），但在進(jìn)行的過程中石墨烯片會出現(xiàn)傾斜（圖1）或者旋轉(zhuǎn)（圖2），這樣加力就不均勻了，請問各位大神是否知道是什么原因，或者是哪里設(shè)置的問題？我的體系是兩個(gè)水盒子之間夾了一個(gè)CNT的反滲透模型，然后用兩個(gè)石墨烯片放在兩頭對水盒子施加壓力。 下面是我的.conf文件 set sysname watbox-grap-1 structure ./${sysname}.psf coordinates ./${sysname}.pdb set temperature 300 set outputname ./NEMD1/${sysname} # Continuing a job from the restart files if {0} { set inputname ./03-output/run binCoordinates $inputname.restart.coor binVelocities $inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem $inputname.restart.xsc } firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ./par_pa.prm # NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you # have also specified a .vel restart file! temperature $temperature # Periodic Boundary conditions if {1} { cellBasisVector1 45.0 0. 0. cellBasisVector2 0. 45.0 0. cellBasisVector3 0. 0. 258.0 cellOrigin 0. 0. 0. } wrapAll on margin 10.0 # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 14.5 # Integrator Parameters timestep 1 ;# 1fs/step rigidBonds all rigidTolerance 10e-8 rigidIterations 100 nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 20 #PME (for full-system periodic electrostatics) if {1} { PME yes PMEGridSpacing 1.0 } # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) if {0} { useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps useFlexibleCell yes ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea yes ;# no for water box, yes for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 200. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp $temperature } # Output outputName $outputname restartfreq 1000 ;# 1000steps = every 1ps dcdfreq 1000 xstFreq 1000 outputEnergies 1000 outputPressure 1000 # Fixed Atoms Constraint (set PDB beta-column to 1) ； #固定CNT if {1} { fixedAtoms on fixedAtomsFile fixatoms-1.pdb fixedAtomsCol B fixedAtomsForces on } ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # Put here any custom parameters that are specific to # this job (e.g., SMD, TclForces, etc...) if {1} { tclforces on set waterCheckFreq 100 set allatompdb ${sysname}.pdb tclForcesScript addforce.tcl } ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization if {1} { minimize 1000 reinitvels $temperature } run 2000000 ;# 2.0 ns 圖1.png 圖2.png |
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2樓2017-03-26 14:40:12
re-member
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
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3樓2017-03-29 21:31:32
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