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18235149572新蟲 (小有名氣)
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[求助]
做硝化反應(yīng)的過渡態(tài)。。。怎么以原子間的距離為反應(yīng)坐標(biāo)？ 已有1人參與
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The distance between the nitrogen atom of the nitronium ion and the attacked carbon atom was chosen as the reaction coordinate (RC). Points of the reaction profile were obtained by freezing the reaction coordinate and optimizing the rest of the internal coordinates simultaneously. 看了一篇文獻(xiàn)提到以距離為反應(yīng)坐標(biāo)，箱試一下但不知道怎么輸入，希望大神給個(gè)指點(diǎn)  |
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paramecium86
版主 (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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既然說了'by freezing the reaction coordinate, and rest of the internal coordinates' 也就是說應(yīng)該使用了 opt=modredundant 做了柔性掃描。 之前又說用氮原子距離作為reaction coordinate 也就是說沿著 N-N 作為柔性掃描。比如說 %chk=... %mem=... %nproc=... # opt=modredundant b3lyp/6-311g title 0 1 N 0.0 0.0 0.0 N 1.0 1.0 1.0 H 2.0 2.0 2.0 B 1 2 S 100 0.05 (從初始N-N距離開始，每0.05埃 算一次opt，算100個(gè)點(diǎn) ） 這樣掃出來一根勢(shì)能曲線 那么頂點(diǎn)就是過渡態(tài)大概的樣子。 |
2樓2017-03-31 21:29:29
18235149572
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3樓2017-04-01 16:11:33
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