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趙少榮很棒

新蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能

[求助] VMD建立的membrane模型有問題？有什么好的方法或模型嗎？（磷脂雙分子層模型）已有1人參與

我要用vmd構(gòu)建了popc在立場charmm27立場下的的模型，但是出現(xiàn)了部分原子的干涉。發(fā)現(xiàn)一個問題就是vmd的bilayer lipid 的原模型不是固定的，就是當(dāng)我的X Y長度不同時會導(dǎo)致單位面積的原子數(shù)不同（就是所取patch大小不同，會導(dǎo)致單面積原子密度不同）。也就是說這樣的情況下我無法決定最適合的模型，而且出現(xiàn)干涉現(xiàn)象。
故想請教大家下有什么比較好的建模方式，我用的namd。有說用amder的，因為不是很熟悉，有相關(guān)的教程嗎？
如果可以的話，能分享一些popc pope dppc 的bilayer lipid的模型嗎？
謝謝大家

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1樓 2017-04-11 14:41:29

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攝氏三十九度

新蟲 (初入文壇)

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http://www.charmm-gui.org/?doc=input/membrane_only&step=1

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2樓2017-04-11 14:58:04

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