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Jay_LIN新蟲 (初入文壇)
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[求助]
求教Gromacs計(jì)算蛋白-蛋白相互作用的top文件建立方法
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各位大神好 。我最近在計(jì)算蛋白-蛋白相互作用時(shí)碰到了top文件的建立問(wèn)題。圖和一圖二分別是我的蛋白-蛋白復(fù)合體系的top文件的頭部與底部。我的想法就是將配體蛋白的itp(LEA-LEA.itp)include進(jìn)top中。 圖一  圖二 圖三是LEA-LEA.itp,我是用gromacs的pdb2gmx指令生成的。  圖三 gromacs在進(jìn)行能量最小化時(shí)報(bào)出如下錯(cuò)誤  可以看出，gromacs并沒(méi)有識(shí)別配體蛋白質(zhì)的力場(chǎng)文件而是在讀取了主體蛋白質(zhì)的力場(chǎng)后又繼續(xù)讀取主體蛋白質(zhì)的力場(chǎng)。之前做小分子配體的時(shí)候這個(gè)建力場(chǎng)方法是行得通的，但配體換成蛋白就出問(wèn)題了。請(qǐng)問(wèn)我該如何建立蛋白-蛋白復(fù)合體系的top呢？（本人新手小白，第一次提問(wèn)，問(wèn)題提的肯能有些不太成熟 ，請(qǐng)見(jiàn)諒。金幣也不多，希望各位大大不要嫌棄 謝謝大家了�。�蛋白-蛋白復(fù)合體系top頭部.png 蛋白-蛋白top末尾.png LEA-LEAitp.png gromacs能量最小化.png |
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hclwonder
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4樓2017-04-15 22:06:14
hclwonder
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不知你想研究什么相互作用呢？是計(jì)算結(jié)合能？那需要index文件設(shè)置一下以分開(kāi)受體配體。 但只是想跑跑蛋白-蛋白復(fù)合體的分子動(dòng)力學(xué)，完全不需要任何修改top文件。就是說(shuō)，跟跑單個(gè)蛋白一樣的處理方式。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2017-04-15 08:44:52
Jay_LIN
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3樓2017-04-15 21:14:39
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