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shengang404新蟲(chóng) (初入文壇)
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NTSYS的數(shù)據(jù)格式它沒(méi)有分組功能，所以只是個(gè)體之間的遺傳距離， popgene的數(shù)據(jù)格式是把這些樣品按照采樣地點(diǎn)人為分成一組組，比較的是組與組之間的遺傳距離。你只用NYSYS分析是得不到群體之間的遺傳距離，只能得到個(gè)體之間的遺傳距離。 關(guān)于聚類(lèi)圖的區(qū)別也就在這里，算法是一樣的。你在NTSYS軟件得到的是18個(gè)樣品的聚類(lèi)圖，而在popgene里如果分成了3組，得到的就是3個(gè)組的聚類(lèi)圖。 樣品少，結(jié)果就不準(zhǔn)確，分析還是可以的。但是寫(xiě)文章的話樣本太少了， 除非你是用這些引物鑒定不同的物種遺傳距離，這樣的話你可以每個(gè)物種才一個(gè)樣。 |
10樓2017-06-09 04:39:31
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2樓2017-04-23 17:40:25
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您好，看了您發(fā)的帖子，感覺(jué)對(duì)這方面應(yīng)該比較了解了，特來(lái)請(qǐng)教。我最近也在做這個(gè)ISSR，用NTSYS分析聚類(lèi)結(jié)果。我用了18個(gè)不同的樣品，20種不同引物（每個(gè)引物有14個(gè)條帶位點(diǎn)）。遇到的問(wèn)題是：在使用NTSYS這個(gè)軟件分析時(shí)，對(duì)于每一種引物而言，做成的是一個(gè)14行，18列的0，1矩陣excel表,可看到木蟲(chóng)里大家都說(shuō)應(yīng)該把這20種引物的0，1數(shù)據(jù)放在一個(gè)excel表中去分析，如果是這樣的話，那就成了一個(gè)280行，18列的excel表， 求問(wèn)： 1、在excel的第一行是不是應(yīng)該寫(xiě)1，280，18，0 ？ 2、每種引物的位點(diǎn)分別為100bp，200bp，300bp……1000bp，2000bp，3000bp。將所有引物的0，1數(shù)據(jù)寫(xiě)在一起的意思是說(shuō)，第一種引物從100bp ~3000bp寫(xiě)完后再寫(xiě)第二個(gè)引物，直到寫(xiě)完第20種引物的數(shù)據(jù)信息嗎？ 3、如果按照2來(lái)操作，這么多數(shù)據(jù)混合在一起，能識(shí)別嗎？還是說(shuō)在最前面添加一列引物的名字做個(gè)說(shuō)明？ 還請(qǐng)幫幫忙，不知道怎么繼續(xù)分析了，感謝感謝~ |
4樓2017-06-06 17:52:22
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5樓2017-06-06 20:59:51
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感謝你的回答！其實(shí)我也是看了一些做ISSR的文獻(xiàn)，基本都是用UBC隨機(jī)引物PCR擴(kuò)增后，開(kāi)始統(tǒng)計(jì)條帶，然后用NTSYS，POPGENE進(jìn)行ISSR的多態(tài)性分析。對(duì)于這倆軟件我還有些困惑： 是不是NTSYS軟件是為了最終得到那個(gè)材料間的遺傳距離圖和在此基礎(chǔ)上形成的UPGMA聚類(lèi)圖？ POPGENE軟件最終是為了得到一些具有遺傳意義的指標(biāo)？比如等位基因數(shù)（Na）、有效等位基因數(shù)（Ne）、Nei’s基因多樣性指數(shù)（H）這些 最后，我當(dāng)時(shí)可能掌握的不夠，不知道至少要20種，所以就取了18份不同地區(qū)的樣本材料，少于20份材料的話可以用POPGENE軟件來(lái)分析嗎？現(xiàn)在這些工作都已經(jīng)完成了，如果是這樣的話有什么補(bǔ)救措施嗎？ |
6樓2017-06-06 21:50:01
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1. NTSYS得到的只是個(gè)體和個(gè)體之間的聚類(lèi)圖，如果你想得到UPGMA聚類(lèi)圖，還是得靠popgene。 2. 我說(shuō)的話可能有誤解，如果你想把這18個(gè)不同地區(qū)做群體，你起碼得取360個(gè)樣，如果有些地區(qū)實(shí)在找不到樣品那就沒(méi)辦法。但你每個(gè)地區(qū)就取一個(gè)樣本，這沒(méi)法分析，根本沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。如果你想補(bǔ)救，確定做哪個(gè)地區(qū)和哪個(gè)地區(qū)的多樣性分析，盡可能的奪取樣（>20）。 |
7樓2017-06-06 22:07:51
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按照您說(shuō)的這個(gè)意思，我只是在三個(gè)地區(qū)一共取了18個(gè)品種的樣品材料，從每個(gè)品種里邊取出部分組織葉片各做了一份實(shí)驗(yàn)，所以在這樣的情況下用NTSYS軟件分析的話，得到的只是這18個(gè)個(gè)體之間的聚類(lèi)關(guān)系，而不是這三個(gè)不同地區(qū)的群體之間的關(guān)系，對(duì)嗎？ 但是NTSYS軟件里面也要用到UPGMA算法，那這個(gè)得到的UPGMA聚類(lèi)圖和用POPGENE的得到的UPGMA聚類(lèi)圖二者有何區(qū)別呢？ 另外，我目前這種情況是不是無(wú)法用POPGENE進(jìn)行分析遺傳多樣性了呢？ 求指點(diǎn)  |
9樓2017-06-08 22:17:46
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