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小小鳥(niǎo)人銅蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
LAMMPS納米壓痕模擬
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列位大神，我是分子動(dòng)力學(xué)模擬小白。最近想用LAMMPS模擬納米壓痕過(guò)程，把LAMMPS自帶的in.indent文件修改了一下到三維情況，以下是我的輸入文件： # 2d indenter simulation dimension 3 boundary p s p atom_style atomic neighbor 5.6 bin neigh_modify delay 5 # create geometry lattice fcc 1 #定義一個(gè)region，名為box，類型為block,后面的邊界坐標(biāo) region box block 0 5 0 5 -2.5 2.5 #在region之上創(chuàng)建一個(gè)模擬盒子，2為模擬中用到的分子種類， #box為上面定義的region的名字 create_box 2 box create_atoms 1 box mass 1 1.0 mass 2 1.0 # LJ potentials pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5 # define groups region 1 block INF INF INF 0.5 INF INF group lower region 1 group mobile subtract all lower set group lower type 2 # initial velocities compute new mobile temp velocity mobile create 0.2 482748 temp new fix 1 all nve fix 2 lower setforce 0.0 0.0 0.0 fix 3 all temp/rescale 100 0.1 0.1 0.01 1.0 # run with indenter timestep 0.003 variable k equal 1000.0/xlat variable y equal "-13.0*ylat + step*dt*0.02*ylat" fix 4 all indent $k sphere 2.5 v_y 0 0.5 thermo 1000 thermo_modify temp new dump 1 all atom 250 dump.indent dump 2 all image 1000 image.*.jpg type type & zoom 1.6 adiam 1.5 dump_modify 2 pad 5 dump 3 all movie 1000 movie.mpg type type & zoom 1.6 adiam 1.5 dump_modify 3 pad 5 run 30000 # run without indenter unfix 4 run 30000 可以運(yùn)行，但是結(jié)果不正確。計(jì)算一開(kāi)始完全看不出有壓下過(guò)程，然后原子的順序就突然變亂了。。。如下圖： 求教�。�！ 10000.jpg 30000.jpg 31000.jpg |
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2樓2017-04-29 16:33:16
小小鳥(niǎo)人
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4樓2018-01-23 09:37:41
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