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luckygirl8371新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于16s鑒定中假陽(yáng)性的問(wèn)題！！
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大家好！最近在做菌株鑒定，可是遇到奇怪的問(wèn)題。 1. 我是用16s通用引物27F和1492R擴(kuò)增16s片段，可是陰性對(duì)照總是在1500bp處出現(xiàn)能看到的條帶，不管是我換了水，引物，MIX，消毒PCR儀，消毒槍，還是統(tǒng)統(tǒng)在無(wú)菌環(huán)境下進(jìn)行，都會(huì)出現(xiàn)假陽(yáng)性，我將陰性的PCR產(chǎn)物送出測(cè)序，兩次回來(lái)的結(jié)果都是Pseudomonas poae，這到底是怎么回事呢？老是假陽(yáng)存在，那擴(kuò)增出的菌測(cè)序結(jié)果就不能保證是正確的，各位大神，能幫忙解答一下原因嗎？快崩潰了  2. 明明通過(guò)鏡檢確定是單一菌，菌落PCR測(cè)序要么一側(cè)雙峰，要么兩側(cè)都是雙峰；挑單克隆搖菌提取基因組后擴(kuò)增，送PCR產(chǎn)物還是一側(cè)雙峰，這到底是為什么呢？看峰圖是從頭到尾都是雜峰，但另一端測(cè)序的峰圖確實(shí)好的，雙峰的原因就一定是菌不純嗎？要是GC含量高應(yīng)該是某一段出現(xiàn)雜峰，不該是從頭到尾，要是菌不純，可鏡檢是單一形態(tài)，劃板挑單克隆提基因組擴(kuò)的，怎么會(huì)是菌不純呢？ 困擾的問(wèn)題，老也解決不了，影響心情，更影響進(jìn)度，請(qǐng)各位大神幫忙分析一下吧！謝謝大家  |
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菌落鑒定，酶一定買沒(méi)有細(xì)菌基因組污染的，一般的Taq都有細(xì)菌基因組的污染，可以做個(gè)不加模板的對(duì)照，如果有帶，就是酶有污染 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶端 |
2樓2017-06-02 06:01:40
luckygirl8371
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我用的是MIX，是不是MIX有問(wèn)題呢？但是有時(shí)加菌液的相同條件下擴(kuò)增不出條帶，反而作為陰性對(duì)照的水卻有條帶，那還能說(shuō)明是MIX的問(wèn)題嗎？ 3樓2017-06-02 15:27:37
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4樓2017-12-05 16:20:19
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請(qǐng)問(wèn)樓主問(wèn)題解決了嗎？我有一對(duì)引物擴(kuò)增的時(shí)候?qū)φ找部倳?huì)有帶。求解答呀 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
5樓2018-01-22 11:42:11
LemnisCare
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6樓2018-11-16 14:03:12
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