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[求助]
小白求助PDB中將蛋白與配體分開(kāi) 已有1人參與
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看了之前各位前輩的方法，嘗試了以下： 1、首先試了用寫(xiě)字板打開(kāi)PDB文件，然后刪除HETATM內(nèi)容，得到的蛋白在Autodock里打開(kāi)，在加水分子這一步就顯示“No new selection:::HOH*:*”。最后查看對(duì)接結(jié)果顯示錯(cuò)誤“ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit d.readDlg(dlgFile) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg self.ch = ConformationHandler(self.ligMol, AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'” 2、用pymol，輸入命令，remove solvent 移除溶劑，remove organic 移除小分子，發(fā)現(xiàn)配體還是沒(méi)有移除。 最近剛開(kāi)始接觸分子對(duì)接，還望各位大神幫幫忙！  |
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yilanding
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2樓2017-06-28 17:36:37
ls0725
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3樓2017-06-30 11:48:44
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598878157
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rky
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5樓2017-06-30 12:47:13
yilanding
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6樓2017-06-30 19:22:54
你好哈-
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7樓2017-07-07 00:16:35
autodockytu 
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10樓2018-02-05 15:42:40
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