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墨秦墨秦銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
啟動(dòng)子功能分析求助
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求各位蟲友幫忙！ 本人研二，在做的課題是關(guān)于某魚類某基因的啟動(dòng)子功能分析。目前在NCBI已有該物種兩個(gè)版本的基因組信息，兩個(gè)基因組關(guān)于該基因的序列幾乎一致，自己也重新驗(yàn)證了該基因及其上游約2k區(qū)域的正確性，三者都幾乎完全一致，只是存在若干堿基增減以及疑似SNP位點(diǎn)的存在。同時(shí)，在ncbi上基因組信息也提供了該基因的轉(zhuǎn)錄信息。我利用已經(jīng)公布的轉(zhuǎn)錄信息，就對第一外顯子之前的區(qū)域進(jìn)行核心啟動(dòng)子預(yù)測。發(fā)現(xiàn)靠近mRNA第一外顯子的的區(qū)域內(nèi)（約1kbp）沒有經(jīng)典的TATAbox結(jié)構(gòu)，且根據(jù)預(yù)測軟件給出的結(jié)果顯示，預(yù)測的核心啟動(dòng)子區(qū)域中的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)并未與mRNA的第一個(gè)堿基重合�，F(xiàn)在我很擔(dān)心，ncbi上公布的轉(zhuǎn)錄信息是否正確或者核心啟動(dòng)子預(yù)測是否正確。 利用cDNA及特異性引物對該基因進(jìn)行pcr驗(yàn)證，電泳檢測發(fā)現(xiàn)并沒有條帶產(chǎn)生（其正向引物與mRNA第一外顯子的前24個(gè)堿基序列一致，反向引物為第二外顯子中編碼區(qū)序列），而自己設(shè)計(jì)的β-actin引物卻可以跑出正常的條帶。 我怕給出的轉(zhuǎn)錄信息有誤，于是對第一外顯子之后的500bp也進(jìn)行啟動(dòng)子預(yù)測，發(fā)現(xiàn)在第一外顯子之內(nèi)（約+60）存在一個(gè)核心啟動(dòng)子區(qū)域，且在該核心啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的上游約30bp處存在TATAbox的結(jié)構(gòu)，所以我懷疑NCBI已公布的基因組信息中提供的mRNA信息有誤？ 隨后我對上述重新預(yù)測的含有TATAbox的核心子區(qū)域，利用特異性引物及cDNA進(jìn)行pcr驗(yàn)證，電泳結(jié)果還是沒有明顯的條帶。 現(xiàn)在我很擔(dān)心，究竟是NCBI公布的轉(zhuǎn)錄信息有誤還是核心啟動(dòng)子預(yù)測存在問題還是或者兩者皆有？此外我的CDNA是否可能存在問題導(dǎo)致上述情況發(fā)生。 求大家?guī)兔�，只有這50個(gè)幣  |
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10樓2017-07-01 06:34:53
fengshen2005
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我有幾個(gè)問題供參考：1，該基因是否有組織特異性，也就是說你如何保證你的cDNA中一定有這個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄本？2，你只是說NCBI的信息與你的軟件預(yù)測結(jié)果不一致，差別有多大？最好有圖片 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
8樓2017-07-01 05:48:39
fengshen2005
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9樓2017-07-01 05:51:05
墨秦墨秦
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2樓2017-06-28 21:30:14
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3樓2017-06-29 10:38:26
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4樓2017-06-30 18:43:40
5樓2017-06-30 18:56:33
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6樓2017-06-30 18:59:44
7樓2017-06-30 19:07:37
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