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zbbrian木蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
求助：RNAfolding 預(yù)測(cè)及解讀 已有1人參與
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本人并非生信出生，因?yàn)閷?shí)驗(yàn)需要另補(bǔ)部分mRNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及分析的數(shù)據(jù)。自己摸索半天最后在Vienna RNA web上進(jìn)行了RNA分析，但是給出的數(shù)據(jù)著實(shí)讓我一頭霧水，請(qǐng)大神指點(diǎn)。 在輸入序列后給出的Results for thermodynamic ensemble prediction 結(jié)果如下 The free energy of the thermodynamic ensemble is -240.54 kcal/mol. The frequency of the MFE structure in the ensemble is 0.00 %. The ensemble diversity is 253.71. minimum free energy = -227.90 kcal/mol 我嘗試從給出的參考文獻(xiàn)中查找，但是仍不清楚這幾個(gè)參數(shù)具體表征什么，數(shù)值大小意味著RNA在折疊過(guò)程中有什么特性？ 附件中dot plot 是一種整體 base pair的圖？ 最后給出mountain plot 有mFR，pf和centroid三個(gè)參數(shù)，對(duì)應(yīng)著我所有的堿基位置，具體每個(gè)堿基數(shù)值的高低是指代什么？如果改變了其中幾個(gè)堿基，數(shù)值改變又意味著什么呢？ 不好意思一口氣問(wèn)了這么多，希望有大神耐心回答，  金幣可以追加么？ dot-plot.png mountain plot.png |
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筱筱的寶寶
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2樓2017-07-05 18:53:03
zbbrian
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3樓2017-07-05 22:29:25
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5樓2019-07-24 13:17:09
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