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淇澳木新蟲 (初入文壇)
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微生物測(cè)序平臺(tái)哪個(gè)好 已有1人參與
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hiseq1500與miseq哪個(gè)測(cè)微生物多樣性好呢親們？ 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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淇澳木
新蟲 (初入文壇)
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- 注冊(cè): 2017-04-07
- 專業(yè): 環(huán)境工程
2樓2017-07-06 13:44:26
3樓2017-07-20 22:16:06
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現(xiàn)在大多用Hiseq 2500,PE 150，雙端測(cè)，正向測(cè)150，反向測(cè)150，加上中間數(shù)據(jù)拼接-50bp，原理上可以測(cè)長(zhǎng)度<250bp的片段。 Miseq 2*300，也是雙端測(cè)，原理上可以測(cè)長(zhǎng)度<550bp的片段 但實(shí)際中，由于隨著測(cè)序長(zhǎng)度的增加，酶的活性降低，測(cè)序質(zhì)量會(huì)下降，所以實(shí)際檢測(cè)片段，兩個(gè)儀器都小于理論值。 肯定是檢測(cè)的片段越長(zhǎng)越好哈。因?yàn)榈玫降男畔?huì)越多，在數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行序列比對(duì)時(shí)，也會(huì)更準(zhǔn)確。 比如現(xiàn)在16S 雙V區(qū)（400bp左右），可以比對(duì)到屬水平，而16S全長(zhǎng)（1500bp）一代測(cè)序，可以比對(duì)到種水平。 |
4樓2017-08-02 17:14:54
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