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HitYingph新蟲 (初入文壇)
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[求助]
Pair style hybrid設(shè)置的問題 已有2人參與
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我剛接觸分子動力學(xué)模擬不久，用lammps做碳納米管充氦得仿真，C-C采用airebo力場，C-He 和He-He采用LJ 6 12勢，在進(jìn)行初步的能量最小化弛豫輸出的VDW圖片的時(shí)候發(fā)現(xiàn)He原子之間有化學(xué)鍵的存在，我在懷疑是不是我使用的Pair style hybrid設(shè)置的問題，把所有的原子都設(shè)置成了碳原子，導(dǎo)致出現(xiàn)了化學(xué)鍵代碼如下： #atom type 1 C #atom type 2 He pair_style hybrid airebo 3.0 lj/cut 10 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00165375 3.191 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.00093800 2.633 我在這里還很困惑的是，關(guān)于airebo勢里**的定義，按照我這樣的定義，是不是所有的都被設(shè)置成為了airebo勢？我嘗試調(diào)換順序的時(shí)候，像這樣： #atom type 1 C #atom type 2 He pair_style hybrid airebo 3.0 lj/cut 10 pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00165375 3.191 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.00093800 2.633 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C 結(jié)果報(bào)錯(cuò)：pair hybrid sub-style is not used 我嘗試將* *替換成1 1的時(shí)候還是報(bào)錯(cuò)。那么我這樣的力場寫法有問題么？是不是由于力場設(shè)置問題導(dǎo)致He原子之間有化學(xué)鍵，還是只是VDW顯示的問題？ 附 1.VDW顯示照片已上傳 2.代碼： variable simname index cswnt_he log log.${simname}.txt units metal boundary s s s lattice fcc 1.0 timestep 0.0002 atom_modify map array atom_style full read_data ${simname}.data #atom type 1 C #atom type 2 He pair_style hybrid airebo 3.0 lj/cut 10 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00165375 3.191 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.00093800 2.633 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 10 group cnt type 1 group he type 2 compute stressatom all stress/atom NULL virial compute displaceatom all displace/atom compute prpertyfz all property/atom fz variable fz equal fcm(all,z) variable fzcnt equal fcm(cnt,z) variable fzhe equal fcm(he,z) #compute peatom all pe/atom #compute peatom all reduce sum c_peatom #compute peatomcnt cnt reduce sum c_peatom #compute peatomhe he reduce sum c_peatom thermo 1000 thermo_style custom step temp pe ke etotal evdwl ecoul emol dump 1 all custom 1000 ${simname}.lammpstrj id type x y z min_style cg minimize 1e-25 1e-25 5000 10000 fix fixnvt cnt nvt temp 0.001 0.001 10 run 50000 unfix fixnvt fix fixnve cnt nve run 50000 unfix fixnve write_restart restart.endinitial 1.jpg |
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6樓2018-06-08 10:44:20
2樓2017-07-18 08:53:10
HitYingph
新蟲 (初入文壇)
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3樓2017-07-18 10:22:52
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4樓2017-07-21 13:59:03
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