 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 第一性原理 » 其他 » PWmat計算NEB的詳細教程
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2282 | 回復: 5 | |||
[交流]
PWmat計算NEB的詳細教程
|
|||
|
PWmat計算NEB的過程，這里以Si64B1體系為例說明： 1.對于NEB計算，首先建立兩個文件夾分別命名initial（初態(tài)的意思），final（末態(tài)的意思），每個文件夾放入PWnat計算的必備文件（etot.input，UPF贗勢文件，atom.config），initail和final文件的atom.config對應未優(yōu)化的初末態(tài)，優(yōu)化后得到穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)文件final.config。要保證二者優(yōu)化時除結(jié)構(gòu)文件以為的其他文件一致。etot.input的設置如下 http://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2017/0727/w365h6383842_1501145275_672.jpg 下圖中的（a），（b）分別是初末態(tài)優(yōu)化后的結(jié)構(gòu) http://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2017/0727/bw304h6383842_1501145303_920.jpg 2.NEB計算，在當前目錄下放入UPF贗勢文件，將初態(tài)優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)final.config拷貝到當前目錄并命名為atom.config，將末態(tài)優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)文件final.config也拷貝到當前目錄并命名為atom_final.config，并在etot.input設置參數(shù)“NEB_DETAIL=IMTH，NSTEP，F(xiàn)ORCE_TOL，NIMAGE，AK，TYPE_STRING，E0，EN，ITYPE_AT2，ATOM2.CONFIG“。其中第一個參數(shù)表示原子弛豫方法；對于NEB計算推薦用3；NSTEP表示最大的優(yōu)化步數(shù)；FORCE_TOL表示力的收斂標準；NIMAGE表示插入的點數(shù)；AK表示彈性力的大�。籘YPE_STRING表示彈性力的類型，PWmat提供了兩種類型的彈性力供選擇（TYPE_SPRING=1,2），而且彈性力的大小可以通過參數(shù)AK來調(diào)節(jié)。對于復雜的體系，我們首先選擇TYPE_SPRING為2，并且使用了較大的ak，該設置有利于計算的收斂，但是計算結(jié)果準確性不高。為了得到準確的勢壘值，需要把TYPE_SPRING設置為1或者調(diào)小ak，該體系通過將TYPE_SPRING設置為1，并將TYPE_SPRING為2得到的收斂結(jié)構(gòu)作為再次NEB計算的初始結(jié)構(gòu)。E0和EN分別是初末態(tài)的能量；ATOM2.CONFIG表示末態(tài)優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)文件。etot.input的設置如下 http://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2017/0727/bw333h6383842_1501146837_486.jpg 3.數(shù)據(jù)處理 計算結(jié)束后，得到NEB.BARRIER文件，其記錄了每步優(yōu)化后，各個結(jié)構(gòu)的能量，具體如下圖所示，其中第二列表示能量，第三列表示兩個點之間的距離，第四列表示角度 http://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2017/0727/w385h6383842_1501147550_409.jpg 可以利用上述數(shù)據(jù)畫出擴散曲線，如下圖所示 http://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2017/0727/bw142h6383842_1501147640_340.jpg initail.jpg tot.jpg nebetot.jpg BARRIER.jpg d.jpg |
回復此樓» 猜你喜歡
08工學調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復
-
350求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
求調(diào)劑一志愿武漢理工大學材料工程（085601）
已經(jīng)有4人回復
-
一志愿重慶大學085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
接收2026碩士調(diào)劑(學碩+專碩)
已經(jīng)有6人回復
-
081700 調(diào)劑 267分
已經(jīng)有5人回復
-
328求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
0854 考研調(diào)劑 招生了！AI 方向
已經(jīng)有14人回復
-
招08考數(shù)學
已經(jīng)有14人回復
-
一志愿上海交大生物與醫(yī)藥專碩324分，求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
人生已過半程，不惑之年漸近，回望來時路，滿心皆是感恩。
+5/1610
-
持續(xù)創(chuàng)業(yè)者，A8離異男征婚，事業(yè)遇到瓶頸，尋找創(chuàng)業(yè)生活伴侶
+1/461
-
求助紫外可見分光光度計
+1/99
-
西南交通大學醫(yī)學院招收生物醫(yī)學工程和材料與化工專業(yè)碩士研究生
+1/88
-
中飛院航空鋰電池團隊接受碩士生調(diào)劑
+1/82
-
招收熒光探針/有機合成/生物學 博士后--薪金: 30萬-50萬
+1/32
-
湖北工業(yè)大學 生命科學與健康學院 課題組招收2026級食品/生物方向碩士
+1/28
-
【預碩】【預博】青島大學生物醫(yī)藥創(chuàng)新轉(zhuǎn)化
+1/15
-
南開大學陳樹琪教授研究團隊招收2026級超構(gòu)材料方向博士研究生
+1/8
-
上海交通大學招聘：新型X射線管設計仿真計算工程師/博士后/助理研究員
+1/8
-
上海交通大學AIMS-Lab招收AI for Science【智能制造】方向2026級博士生
+1/7
-
新加坡國立大學藥學系化學生物學課題組招PhD
+1/6
-
中國科學院上海硅酸鹽研究所招聘科研助理
+1/6
-
易度層流質(zhì)量流量計助力精密制造——濾芯流通性測試中的精準與高效解決方案
+1/5
-
國家級人才團隊誠聘生物信息相關專業(yè)的科研助理
+1/4
-
南京林業(yè)大學化學工程學院柏惺峰課題組招收2026年申請考核制博士2名
+1/4
-
三峽大學 計算力學課題組招收調(diào)劑（力學/水利/土木/材料/礦業(yè)）
+1/3
-
“機械、材料”招生
+1/1
-
歡迎加入贛南師范大學先進光電子研究中心
+1/1
-
征女朋友
+1/1
3樓2020-05-30 11:12:00
4樓2020-06-21 10:46:10
5樓2020-07-30 10:43:48
6樓2020-07-30 10:43:57
簡單回復
dsctg2樓
2017-07-27 17:43
回復
HZ_Tian(金幣+1): 謝謝參與
相關版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 HZ_Tian 的主題更新
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 306求調(diào)劑 +9 | chuanzhu川燭 2026-03-18 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 276求調(diào)劑。有半年電池和半年高分子實習經(jīng)歷 +8 | 材料學257求調(diào)劑 2026-03-23 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 352求調(diào)劑 +3 | 大米飯！ 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 一志愿東華大學化學070300，求調(diào)劑
+7
|
2117205181 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 280分求調(diào)劑 一志愿085802 +4 | PUMPT 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 +3 | α____ 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 315分，誠求調(diào)劑，材料與化工085600 +3 | 13756423260 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 08工科 320總分 求調(diào)劑 +11 | 梨花珞晚風 2026-03-17 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 269專碩求調(diào)劑 +6 | 金恩貝 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +9 | 煙火先于春 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +5 | shxchem 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +9 | 簡單點0 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑0854 +3 | assdll 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 346求調(diào)劑[0856] +4 | WayneLim327 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿南昌大學，327分，材料與化工085600 +9 | Ncdx123456 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +9 | 想上學吖吖 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 招收調(diào)劑碩士 +4 | lidianxing 2026-03-19 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 材料學碩318求調(diào)劑 +5 | February_Feb 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考博] 申博26年 +3 | 八6八68 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研求調(diào)劑 +3 | 橘頌. 2026-03-17 | 4/200 |
|