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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 量子化學 » NBO/AIM » 【求助】關于NBO分析鍵級
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[交流]
【求助】關于NBO分析鍵級
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應用Gaussian03對化合物進行了NBO分析以后，期望從中得到鍵級的信息，現(xiàn)在不知道在輸出文件中具體的哪部分是該信息，請高手賜教。 請問是不是從下面輸出文件矩陣中的對應數(shù)字就是鍵級啊，比如說，C2－N14的鍵級是1.6717？ 還有就是在輸出文件中有如下信息： Atom-atom overlap-weighted NAO bond order: （矩陣） Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom: （數(shù)列） MO bond order: （矩陣） 這些不同的鍵級都是從什么角度考慮的，又是怎么計算出來的？ 請問這些又都是些什么信息啊，文章中要討論的“鍵級”到底應該怎么從輸出文件中讀��？ 現(xiàn)在有點糊涂，邊上又沒有課題問的人，現(xiàn)在請大家?guī)兔Υ鹨梢幌隆?br /> 謝謝！ 是不是在計算細節(jié)部分給出（ Wiberg bond index），就可以在后面的討論部分用下圖給出的數(shù)值討論鍵級？ [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 19:25 ] |
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 氣態(tài)分子化學動力學 |
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8樓2009-02-12 18:58:28
2樓2009-02-10 10:44:51
3樓2009-02-10 10:55:22
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謝謝樓上，我的輸入文件如下 %mem=1GB %nprocshared=2 %chk=D:\222.chk # ub3lyp/6-311g pop=nboread geom=connectivity Title Card Required 0 2 B 0.00000000 0.89787000 0.00000000 B 0.77757800 -0.44893500 0.00000000 B -0.77757800 -0.44893500 0.00000000 1 2 1.0 3 1.0 2 3 1.0 3 $nbo bndidx $end 但好像算不了。計算的是硼的三聚體。你知道是什么原因嗎？（這個結構是優(yōu)化后的結果） 提示為 Structure accepted: No low occupancy Lewis orbitals WARNING: 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 1 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 2 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 3 --- Apparent excited state configuration --- The following "inverted" NBO labels reflect the actual hybrid overlap: NBO 39 has been relabelled BD Unable to label the NBOs properly: 8 unstarred orbitals 7 occupied orbitals Error Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l607.exe at Tue Feb 10 11:33:57 2009. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 10.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 11 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 [ Last edited by yzcluster on 2009-2-10 at 11:35 ] |
4樓2009-02-10 11:31:08
5樓2009-02-10 11:35:15
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提示為 Structure accepted: No low occupancy Lewis orbitals WARNING: 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 1 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 2 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 3 --- Apparent excited state configuration --- The following "inverted" NBO labels reflect the actual hybrid overlap: NBO 39 has been relabelled BD Unable to label the NBOs properly: 8 unstarred orbitals 7 occupied orbitals Error Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l607.exe at Tue Feb 10 11:33:57 2009. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 10.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 11 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 |
6樓2009-02-10 11:36:03
7樓2009-02-10 11:46:58
yuhuobuku
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xuefei06(金幣+3,VIP+0):thanks！ 2-12 20:15
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討論鍵級一般都是討論WBI 從輸出文件中找：Wiberg bond index matrix in the NAO basis 矩陣元即鍵級 矩陣中C2－N14和N14-C2的對應矩陣元數(shù)值都是一樣的。 對開竅層和閉竅層體系的討論還不太一樣，給你摘錄廈大論壇上看到一段只供參考： 以O2為例： 對于單重態(tài)（閉殼層）輸入文件： —————————————————————————— #B3LYP/6-311++G(3df,2pd) opt Pop(nboread) HF 0 1 O 0.00 0.80 0.000000 O 0.00 0.80 1.200000 $NBO BNDIDX $END —————————————————————— 單重態(tài)閉殼層做最簡單，在輸出文件中，找 Wiberg bond index matrix in the NAO basis 它以矩陣的形式列出了分子間的鍵級。 注意一點：因為計算中有結構優(yōu)化(opt)，所以一定要“從后往前”找 Wiberg bond index matrix in the NAO basis。 （你可以試試水的計算，我的計算結果是0.7924，差不多了。 三重態(tài)也差不多，輸入文件： —————————————————————————— #uB3LYP/6-311++G(3df,2pd) opt Pop(nboread) HF 0 3 O 0.00 0.80 0.000000 O 0.00 0.80 1.200000 $NBO BNDIDX $END —————————————————————— 也是在輸出文件中，找 Wiberg bond index matrix in the NAO basis 注意：因為是開殼層計算，所以會有alfa和beta電子的區(qū)別。 仍然是“從后往前”找 Wiberg bond index matrix in the NAO basis 找到的第一個其實是beta電子的，找到的第二個是alfa電子的，第三個是total的。 注意，關鍵在這里：對開殼層計算，不能直接用total的結果（可能程序有問題）， 而是應該用 (alfa+beta)*2 . 我計算的結果是： Total:1.5185 alfa :0.2620 (with around 1 electron in BD and 0 electron in BD*) beta :0.7521 (with around 3 electrons in BD and 0 electron in BD*) 用 (alfa+beta)*2＝2.0282， 剛好是O2三重態(tài)的鍵級。 單重態(tài)的計算肯定沒有問題，多重態(tài)（開殼層）的計算方法是我自己琢磨的，不一定對。 不過我試了用開殼層的方法計算單重態(tài)，證實我的方法是對的，所以我比較自信這個方法。 應該是這些吧 Atom-atom overlap-weighted NAO bond order: Atom 1 2 ---- ------ ------ 1. O 0.0000 0.6958 2. O 0.6958 0.0000 Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom: Atom 1 ---- ------ 1. O 0.6958 2. O 0.6958 MO bond order: Atom 1 2 ---- ------ ------ 1. O 0.0000 0.8710 2. O 0.8710 0.0000 我前面總結過了。 用AIM可以。不過有的體系會算不了。程序會出錯。 用pop=nboread可以，對于單重態(tài)直接看Wiberg bond index matrix， 對于多重態(tài)也是看Wiberg bond index matrix， 不過是分別看alfa和beta的，要把alfa和beta的加起來，再乘以2。 （對于多重態(tài)這個方法是我自己摸索的，不一定對，不過對于好幾個體系 我試過都是對的。） nbo 算的出鍵級的，在Natural Orbital Bond下，要把A軌道和B軌道的加起來在求平均值，就是鍵級 J. Comput. Chem. 19(6), 610-627(1998) |
9樓2009-02-12 19:41:01
10樓2009-02-12 23:58:36
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