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乘風(fēng)來(lái)去客新蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
［NAMD］利用NAMD模擬拉伸石墨烯 已有4人參與
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按照教程簡(jiǎn)單熟悉了NAMD的使用流程，現(xiàn)在想要模擬水平拉伸石墨烯，遇到的問(wèn)題是共價(jià)鍵無(wú)法斷裂，如圖所示，分別是拉伸開(kāi)始與結(jié)束時(shí)的圖像�？梢�(jiàn)石墨烯模型幾乎被拉平了，但是共價(jià)鍵還是沒(méi)有斷裂，這似乎不符合實(shí)際情況，想要問(wèn)一下這是什么原因造成的，從什么地方可以設(shè)定共價(jià)鍵斷裂的條件。本人是初學(xué)者，希望各位師兄師姐能夠不吝賜教。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
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2樓2017-08-25 15:06:39
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力場(chǎng)造成的呀，分子力場(chǎng)拉斷，lammps有個(gè)距離判斷斷bond，你也可以這樣操作，bond大于某一距離，就斷掉，不知道namd有這功能么 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
3樓2017-08-25 15:07:01
4樓2017-08-25 15:18:00
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我覺(jué)得有的，因?yàn)槲乙郧翱催^(guò)一篇用NAMD模擬石墨烯拉伸的文章，他那個(gè)拉伸到一定程度就出現(xiàn)裂紋了，而我這個(gè)像橡皮筋一樣，拉伸到60000步都沒(méi)有斷裂的跡象。我在conf文件里設(shè)定了cutoff 距離為1.5，但是貌似并沒(méi)有起到作用。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
5樓2017-08-25 16:21:03
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6樓2017-08-25 16:23:39
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7樓2017-10-31 22:08:51
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8樓2018-02-23 18:25:03
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